当遇到商家超期不发货的情况时，赔偿方式主要取决于双方是否有明确约定、电商平台的相关规则以及相关法律法规的规定。以下是一个详细且清晰的解答：
一、双方有明确约定的情况
如果消费者与商家在交易过程中已经明确约定了超时不发货的赔付标准，比如按照商品价款的百分比进行赔付，那么应当按照这个约定来执行。这种约定可以是口头上的，但最好是书面形式，如电子合同或购物平台上的规则，这样更具法律效力。如果约定的赔付标准过高或过低，双方可以请求人民法院或仲裁机构进行适当调整，以确保赔付的合理性。
二、无明确约定或约定不明确的情况
如果双方没有明确的约定，或者约定不明确，那么就需要依据相关法律法规来处理。根据《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律，商家超时不发货属于违约行为，消费者有权要求商家退还货款，并赔偿因此造成的相应损失。这里的损失通常指的是因商家违约给消费者造成的直接损失，比如为购买该商品而额外支出的合理费用等。消费者需要承担举证责任，证明这些损失的存在。
三、电商平台有相关规则的情况
各大电商平台通常会制定针对商家超时不发货的具体赔付规则，这些规则往往更加细化且具有可操作性。例如：
淘宝平台：卖家未按约定时间发货，需向买家支付商品实际成交金额的10%作为违约金，最高不超过100元，最低不少于5元。特定情况下，如卖家存在恶意行为，还需额外支付违约金。
京东平台：第三方卖家延迟发货，需向买家支付商品金额的30%作为违约金，每单最低5元，最高不超过500元。
四、操作建议
协商先行：首先，尝试与商家进行友好协商，看能否就赔付问题达成一致。这是解决纠纷的最直接和高效的方式。
保留证据：在处理过程中，务必保留好相关证据，如订单信息、聊天记录、交易凭证等。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
平台投诉：如果协商无果，可以向电商平台投诉，并提供相关证据。平台将依据其规则进行调查处理，可能包括要求商家支付违约金、对商家进行扣分或罚款等。
法律途径：如果商家的行为给消费者造成了较大损失，且平台处理结果不满意，消费者可以通过向消费者协会投诉、申请仲裁或向法院提起诉讼等方式来进一步维护自己的合法权益。
综上所述，商家超期不发货的赔偿问题需根据具体情况来决定。消费者应充分了解相关法律法规和电商平台规则，以便在遭遇此类问题时能够有效维护自己的合法权益。