结论：合同一式两份，一份客户签字公司盖章，另一份客户签字但公司未盖章，合同的效力需分情况讨论。
分析：
合同成立与生效的基本原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同成立一般需要双方当事人意思表示一致，即通常所说的“要约”与“承诺”达成合意。在书面合同中，这通常表现为双方当事人在合同上签字或盖章。
- 合同的生效则可能受到更多因素的影响，如合同内容是否合法、是否违反公序良俗、是否具备法定形式等。但就本题而言，我们主要关注的是合同的成立问题。
一式两份合同的具体情况：
- 在一式两份的合同中，每一份合同都是双方当事人意思表示一致的载体。理论上，只要其中一份合同满足了双方签字或盖章的要求，就可以认为合同已经成立。
- 然而，在实际操作中，为了确保合同的完整性和双方权益的平衡，通常会要求双方都在每一份合同上签字或盖章。这样做可以避免因合同份数不一致而引发的纠纷。
本题中的具体情况分析：
- 一份合同已经客户签字且公司盖章，这表明双方已经就合同内容达成了一致，且该份合同已经满足了成立的要件。
- 另一份合同虽然客户已经签字，但公司尚未盖章。这并不意味着合同一定无效或未成立。如果公司事后追认了该份合同（即在公司盖章后），或者双方以其他方式（如口头协议、行为表示等）确认了合同内容，那么该份合同同样可以视为成立。
- 但如果公司拒绝追认该份合同，且双方没有以其他方式确认合同内容，那么该份合同可能因缺乏公司方的意思表示而无法成立。不过，这并不影响已经客户签字且公司盖章的那份合同的效力。
建议与风险提示：
- 为了避免潜在的纠纷和风险，建议双方尽快就未盖章的合同进行协商和处理。如果公司同意盖章，那么两份合同都将具有法律效力；如果公司拒绝盖章，双方可以就合同内容重新进行协商或寻求其他解决方案。
- 在任何情况下，都建议双方保留好合同原件及相关证据材料，以备不时之需。
总结：合同一式两份中，一份已签字盖章而另一份未盖章的，合同的效力需根据具体情况判断。如果公司事后追认或双方以其他方式确认了合同内容，则未盖章的合同也可视为成立；否则，可能因缺乏公司方的意思表示而无法成立。但无论如何，已签字盖章的那份合同是具有法律效力的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。