当您发现起诉的公司已经注销时，确实会面临一些法律上的挑战，但您仍然可以采取一系列措施来维护自己的权益。以下是我为您详细梳理的应对步骤和建议：
一、核实公司注销情况
首先，您需要通过国家企业信用信息公示系统或相关工商登记部门查询公司的注销状态及注销时间。这是非常重要的第一步，因为只有确认了公司的注销情况，您才能进一步分析法律责任主体和采取相应的法律行动。
二、分析法律责任主体
清算责任：
- 如果公司在注销过程中存在未依法清算即办理注销登记的情形，那么股东或清算组成员可能需要承担相应的法律责任。根据相关法律规定，如果有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人在公司解散后恶意处置公司财产或提交虚假清算报告骗取注销登记，债权人可以主张其对公司债务承担相应赔偿责任。
权利义务承继者：
- 如果公司在注销前将债权债务转让给了其他公司或个人，您有权向该承继者主张权利。这需要您仔细查看公司注销前的财务记录、合同协议等文件，以确定是否存在债权债务的转让情况。
关联公司或母公司：
- 在某些情况下，被注销的公司可能是某个集团或母公司的子公司。如果该子公司的注销是为了逃避债务，您可以考虑追究关联公司或母公司的责任。但这需要根据具体的法律关系和证据来判断，可能需要专业的法律分析。
三、采取法律行动
追加被告或第三人：
- 如果您发现公司的股东、清算组成员或其他责任主体存在违法行为，可以在诉讼中追加他们为被告或第三人。这需要您提供充分的证据证明他们的违法行为与您的损失之间存在因果关系。
提起新的诉讼：
- 如果无法在原诉讼中继续追究责任，您可以考虑根据具体情况提起新的诉讼，如针对股东、清算组成员或其他责任主体的损害赔偿诉讼。
申请强制执行：
- 如果在诉讼过程中或诉讼前，公司已经部分履行了义务但仍有剩余债务未清偿，且公司有可供执行的财产（如未分配完的财产、对外投资形成的股权等），您可以向法院申请强制执行以弥补您的损失。
寻求专业帮助：
- 面对复杂的法律问题，我强烈建议您咨询专业的律师或法律机构。他们可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助您更好地维护自己的合法权益。
四、注意事项
及时行动：
- 一旦发现公司注销的情况，您应尽快采取行动，以免错过维权的最佳时机。时间拖得越久，证据可能越难收集，维权难度也可能越大。
保留证据：
- 妥善保管与公司交易相关的所有文件和记录，包括合同、发票、付款凭证等。这些证据在维权过程中将起到至关重要的作用。
了解法律规定：
- 熟悉相关法律法规和司法解释的规定，以便更好地维护自己的合法权益。法律是维护社会秩序和公平正义的基石，了解法律才能更好地运用法律来保护自己。
综上所述，当您发现起诉的公司已经注销时，不要慌张和放弃。通过核实注销情况、分析法律责任主体、采取法律行动和注意相关事项，您仍然有机会维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。