在店铺经营者与实际经营人不一致的情况下，责任的承担需根据具体情况综合考虑，可能由法人、实际经营者单独承担，也可能由两者共同承担。以下是对此问题的详细分析：
民事责任方面
合同责任：
- 若合同是以法人名义签订的，且符合合同生效的要件，那么法人作为合同主体应当承担相应的合同责任，包括履行合同义务和承担违约责任。即便实际经营者与法人不一致，这一原则依然适用。
- 如果实际经营者以自己的名义签订合同，并且合同相对方明知其并非法人代表，那么在这种情况下，责任应由实际经营者个人承担。
侵权责任：
- 当法人工作人员（包括实际经营者在履行职务时）造成他人损害时，由法人承担侵权责任。法人在承担责任后，有权向有过错的工作人员（包括实际经营者）进行追偿。
- 如果损害是由实际经营者的个人行为导致的，那么责任应由其个人承担。
行政责任方面
- 对于法人的行政违法行为，通常由法人承担行政责任。然而，如果实际经营者故意实施违法行为，并且该行为可以明确归责于个人，那么实际经营者也可能被单独追究行政责任。
- 在特定行业，如食品药品行业，由于产品质量问题可能引发的行政责任，法人和实际经营者都可能被追究。
刑事责任方面
单位犯罪：
- 在单位犯罪的情况下，除了对单位判处罚金外，还可能对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。如果实际经营者属于这类人员，那么其需要承担刑事责任。
个人犯罪：
- 如果实际经营者实施的犯罪行为完全是其个人行为，与法人无关，那么责任应由其个人承担。
共同承担责任的法律依据与具体责任
- 根据相关法律规定，当营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致时，两者可以作为共同诉讼人。这意味着在法律纠纷中，他们可能被视为共同的责任主体。
- 实际经营者因其直接参与公司运营，对公司的经营活动负有直接责任。而法人作为对外公示的法律责任主体，也应承担相应的法律责任，特别是当法定代表人未履行其职责时。
内部协议与外部责任的关系
- 尽管登记经营者和实际经营者之间可能存在内部协议，但这类协议一般不能对抗外部债权人。在对外关系上，登记的经营者仍需承担相应的法律责任。之后，登记的经营者可以根据内部协议向实际经营者进行追偿。
实际经营者的认定标准
- 控制权标准：实际经营者拥有对公司的财务、人事及业务的控制权。
- 决策权标准：实际经营者在公司中具有重大事项的决策权。
- 利益标准：实际经营者与公司存在直接利益关系，其经营行为直接影响公司的盈亏。
建议：为避免潜在的法律纠纷，建议在经营活动中明确法人和实际经营者的权责关系，并确保遵守相关法律法规。如果在实际经营过程中遇到法律问题，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。