部队医院中的合同制员工与劳务派遣员工存在多方面的区别，主要体现在以下几个方面：
劳动关系建立与合同签订：
- 合同制员工：直接与部队医院签订劳动合同，建立劳动关系。这意味着员工与医院之间存在直接的雇佣关系，医院是员工的用人单位，负责员工的招聘、管理、薪酬支付等。
- 劳务派遣员工：则与劳务派遣公司签订劳动合同，并被派遣至部队医院工作。在这种情况下，劳务派遣公司是员工的用人单位，而部队医院只是用工单位，负责提供工作岗位、进行日常管理等。
薪酬与福利：
- 合同制员工：通常享受部队医院提供的较为全面的薪酬和福利待遇，包括基本工资、奖金、津贴、社会保险等。这些待遇往往与医院的经济效益和员工的个人表现挂钩。
- 劳务派遣员工：其薪酬和福利主要由劳务派遣公司负责支付和管理。虽然用工单位（部队医院）可能会根据工作表现给予一定的奖励或补贴，但整体上，劳务派遣员工的薪酬和福利水平可能相对较低，且稳定性可能不如合同制员工。
职业发展与晋升机会：
- 合同制员工：在部队医院内部有更多的职业发展机会和晋升空间。他们可以通过努力工作、提升技能等方式获得更高的职位和更好的待遇。
- 劳务派遣员工：由于与用工单位（部队医院）之间不存在直接的雇佣关系，因此他们在职业发展方面可能受到一定的限制。虽然他们可以通过表现优秀获得用工单位的认可，但晋升机会相对较少，且往往受到劳务派遣公司的制约。
工作稳定性与风险：
- 合同制员工：通常享有较高的工作稳定性，只要他们遵守医院的规章制度、履行工作职责，就可以长期在医院工作。
- 劳务派遣员工：则可能面临更大的工作不确定性。一旦用工单位（部队医院）与劳务派遣公司之间的合作出现问题，或者用工单位对劳务派遣员工的工作表现不满意，劳务派遣员工就可能面临被退回劳务派遣公司、失去工作的风险。
法律适用与权益保护：
- 无论是合同制员工还是劳务派遣员工，都受到劳动法律法规的保护。然而，在具体适用上可能存在差异。例如，在劳动争议解决方面，合同制员工可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼；而劳务派遣员工则可能需要先向劳务派遣公司反映问题，由劳务派遣公司与用工单位协商解决，协商不成的再申请仲裁或提起诉讼。
针对您可能关心的具体问题，我给出以下建议：
- 如果您希望获得更稳定的工作和更好的职业发展机会，且对部队医院的工作环境和文化有较高的认同感，那么选择成为合同制员工可能更为合适。
- 如果您对工作稳定性要求不高，或者希望在某些特定时期（如学习期间、家庭照顾期间等）获得一定的收入，同时又不希望受到太多工作束缚，那么选择成为劳务派遣员工可能是一个不错的选择。但请注意，在选择劳务派遣公司时，要仔细了解其信誉和实力，以确保自己的权益得到保障。
最后，无论您选择成为合同制员工还是劳务派遣员工，都建议您在签订劳动合同时仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务，并在工作过程中注意保留相关证据，以便在发生争议时维护自己的合法权益。如果您在劳动法律方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。