结论：是否会留下案底取决于挪用公款的行为是否构成犯罪以及案件的最终处理结果。若构成犯罪且被法院判决有罪，则会留下案底；若不构成犯罪或虽构成犯罪但未被法院判决有罪，则不会留下案底。

详细分析：

1. 构成犯罪的情况：

   • 法律定义：挪用公款罪是指国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的行为。若行为符合上述定义，则构成挪用公款罪。
   • 案底形成：一旦构成挪用公款罪并被法院判决有罪，这一犯罪记录将会被记录在个人的刑事档案中，即留下案底。案底是个人犯罪历史的记录，对个人的社会声誉、职业发展等可能产生负面影响。

2. 不构成犯罪的情况：

   • 法律定义：如果挪用公款的行为不符合挪用公款罪的构成要件，或者存在其他法定免责事由（如情节显著轻微危害不大，不认为是犯罪等），则不构成犯罪。
   • 案底情况：在不构成犯罪的情况下，即使公司报警并进行了协商，也不会留下案底。因为案底的形成需要以犯罪为前提，而犯罪的认定需要经过法院的审判并判决有罪。

3. 构成犯罪但未被判决有罪的情况：

   • 法律程序：在刑事诉讼过程中，如果经过侦查、审查起诉等阶段后，检察院认为证据不足或不符合起诉条件，可能会作出不起诉决定；或者法院在审理过程中认为被告人无罪，可能会判决无罪。
   • 案底情况：在这种情况下，虽然行为人最初被怀疑或指控构成犯罪，但由于最终未被法院判决有罪，因此不会留下案底。

建议与后续行动：

• 积极协商：如果公司报警并要求协商，建议行为人积极与公司沟通，了解公司的具体诉求和证据情况，争取通过协商解决问题，避免案件进入刑事诉讼程序。
• 咨询专业律师：在协商过程中或案件进入刑事诉讼程序后，建议行为人及时咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及案件的可能走向和后果。律师可以根据具体情况提供法律建议和辩护策略，帮助行为人维护自己的合法权益。
• 配合调查：如果案件进入刑事诉讼程序，行为人应积极配合司法机关的调查和审判工作，如实陈述事实、提供证据，并遵守相关法律规定和程序要求。

总结：挪用公款公司报警要求协商是否会留下案底，取决于行为是否构成犯罪以及案件的最终处理结果。因此，建议行为人积极应对、咨询专业律师，并根据具体情况采取相应的法律措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。