结论：在三轮车碰到停放的小车且三轮车人已去世的情况下，双方可以签订协议书，但协议书的内容和签订过程需严格遵循法律规定，以确保其合法性和有效性。以下是对此问题的详细分析：
一、协议书的法律基础
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体之间可以就民事权利义务关系达成协议，只要该协议不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。因此，在三轮车碰到停放的小车且三轮车人已去世的情况下，双方（即三轮车方的家属或继承人和小车车主）可以就事故责任、赔偿等事宜签订协议书。
二、协议书的内容要求
明确事故责任：协议书应明确双方对事故的责任划分。这通常需要根据事故现场情况、交通规则以及可能的证据（如监控录像、证人证言等）来确定。如果双方对责任划分有争议，可以寻求交警部门或专业律师的帮助。
确定赔偿金额和方式：协议书应详细列明赔偿的项目（如医疗费、丧葬费、死亡赔偿金等）、金额以及支付方式。赔偿金额应合理，且符合相关法律法规的规定。支付方式可以是一次性支付或分期支付，具体应根据双方协商和实际情况确定。
约定违约责任：为了确保协议书的履行，双方可以约定违约责任。如果一方违反协议书的约定，应承担相应的法律责任。
三、签订协议书的注意事项
双方自愿：签订协议书必须是双方自愿的行为，任何一方不得强迫或威胁对方签订。
合法合规：协议书的内容必须合法合规，不得违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗。
书面形式：为了确保协议书的证据效力，建议双方采用书面形式签订协议书，并签字或盖章确认。
律师见证或公证：如果条件允许，双方可以邀请律师见证或到公证处进行公证，以增强协议书的法律效力和可信度。
四、可能涉及的法律后果
如果协议书合法有效：一旦协议书签订并生效，双方应按照协议书的约定履行各自的义务。如果一方违反协议书的约定，另一方可以依法追究其法律责任。
如果协议书存在瑕疵或无效情形：如协议书内容违法、违背公序良俗、存在欺诈或胁迫等情形，该协议书可能被认定为无效或可撤销。在这种情况下，双方可能需要重新协商或通过法律途径解决争议。
建议：在签订协议书之前，双方可以咨询专业律师的意见，以确保协议书的合法性和有效性。如果双方对协议书的内容或签订过程有任何疑问或争议，也可以寻求律师的帮助进行协商或调解。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。