整改方式可以同时包含补办手续和拆除设施，但需根据具体违法情形和整改目标综合判断，二者并非必然互斥。以下从法律逻辑和实务操作角度展开分析：

1. 补办手续与拆除设施的适用场景

• 补办手续：适用于违法建设或经营行为中，主体工程本身符合规划或安全标准，但因程序瑕疵（如未取得施工许可、环保验收等）导致违法的情形。例如：企业已建成厂房但未办理消防验收，可通过补办手续完成整改。
• 拆除设施：适用于违法建设或经营行为中，主体工程本身违反强制性规定（如占用生态保护区、不符合消防安全间距等），且无法通过补办手续消除违法状态的情形。例如：违规搭建的临时建筑占用消防通道，必须拆除。

2. 二者可同时适用的情形

• 部分违法与整体违法并存：若同一项目中存在部分可补办手续的合规内容（如合法建筑内的设备安装），和部分必须拆除的违法内容（如违规加建的附属设施），整改方案可同时包含补办手续和拆除设施。
• 阶段性整改需求：例如，对违规建设的商业综合体，可先拆除占用公共绿地的部分（消除违法状态），再补办剩余建筑的规划许可（完善合法性）。

3. 实务操作中的关键点

• 整改目标的合法性：需确保整改后项目完全符合法律要求，避免“以补办掩盖核心违法”。例如，若拆除部分设施后剩余建筑仍违反容积率规定，仅补办手续可能被认定为整改无效。
• 行政程序的协调性：补办手续和拆除设施可能涉及不同行政主管部门（如规划、消防、环保），需同步协调审批流程，避免因程序冲突导致整改延误。
• 权利义务的平衡：对相对人而言，需评估整改成本（如拆除费用、补办手续的行政处罚）与项目存续价值的权衡，避免因整改过度导致利益失衡。

4. 法律风险提示

• 若整改方案中补办手续的部分因条件不符被驳回，而拆除设施的部分已执行，可能导致项目整体无法继续使用，引发赔偿纠纷。
• 行政机关在制定整改方案时，需明确补办手续和拆除设施的先后顺序及条件，避免因方案模糊导致相对人履行困难。

建议：若您面临具体整改问题，需结合项目违法事实、地方性法规及行政机关要求，制定分阶段、可操作的整改方案。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。