针对您提出的“项目干两年了被发现串标怎么办”的问题，这是一个涉及法律责任和行政处罚的复杂情况，我将从多个维度为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，串通投标是违法行为，根据《中华人民共和国政府采购法》第七十七条的规定，供应商串通投标将面临行政处罚，包括处以采购金额千分之五以上千分之十以下的罚款，列入不良行为记录名单，在一至三年内禁止参加政府采购活动，有违法所得的，并处没收违法所得，情节严重的，还可能由工商行政管理机关吊销营业执照，甚至构成犯罪的，依法追究刑事责任。

接下来，关于行政处罚的追责期限问题，根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；但是，涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。因此，对于您的情况，如果项目不涉及公民生命健康安全或金融安全，且未造成危害后果，那么在项目结束两年后被发现串标，可能不再给予行政处罚。然而，如果项目涉及这些特殊领域，或者存在连续或继续的违法行为状态，那么追责期限可能会延长。

此外，即使行政处罚的追责期限已过，如果供应商的串通投标行为构成犯罪，仍然可能面临刑事责任的追究。根据《刑法》的相关规定，串通投标罪的法定最高刑为三年，因此，在犯罪成立的前提下，如果未过五年的追诉期限，供应商仍然可能被追究刑事责任。

在处理此类情况时，监管部门通常会进行立案、调查、审查、告知、决定、送达和执行等程序。他们会收集证据，审查违法事实，并根据违法情节的轻重来决定处罚的种类和幅度。因此，即使项目已经结束两年，如果被发现存在串标行为，仍然需要积极配合监管部门的调查和处理工作。

最后，关于是否需要顶格处罚的问题，这并不是根据发现时间来确定的，而是根据违法情节的轻重来决定的。如果违法情节严重，那么即使项目已经结束两年，监管部门仍然可能根据法律规定给予顶格处罚。

综上所述，对于项目干两年了被发现串标的情况，您需要积极配合监管部门的调查和处理工作，了解具体的法律责任和行政处罚情况，并根据实际情况采取相应的措施。同时，也建议您在未来的项目中严格遵守相关法律法规和招标投标规定，避免类似情况的发生。