以单位名义为个人申请的工伤认定，在一般情况下，确实需要确认劳动者与用人单位之间存在劳动关系作为前提。然而，也存在一些特殊情形，其中最为典型的是挂靠经营的情况。

在挂靠经营的情形下，根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第三条第一款，个人挂靠其他单位对外经营时，其聘用的人员因工伤亡的，被挂靠单位需承担工伤保险责任，这一责任并不以存在劳动关系为前提。这一规定实际上确立了一种拟制劳动关系的规则，即直接将被挂靠单位视为用工主体，并由其承担工伤保险责任。

以您提供的案例为例，南某将其货车挂靠于北京某公司，并安排其招用的货车司机刘某驾驶该货车。在刘某因工伤亡后，尽管劳动仲裁部门确认刘某与北京某公司之间不存在劳动关系，但社保部门仍然作出了认定工伤的决定，将北京某公司列为用人单位，并确定其为承担工伤保险责任的单位。这一决定得到了法院的支持，因为法院认为在挂靠经营的特殊情形下，被挂靠单位应承担个人聘用的因工伤亡职工的工伤保险责任。

因此，以单位名义为个人申请的工伤认定，在一般情况下需要确认劳动关系，但在挂靠经营等特殊情形下，并不以存在劳动关系为前提。这一规定旨在充分保护劳动者的权益，确保他们在因工作遭受事故伤害或患职业病时能够获得及时的医疗救治和经济补偿。

如果您或您所在单位面临类似情况，建议咨询专业的法律人士或劳动保障部门，以获取更具体、更准确的法律指导和帮助。