在车主指使的违章行为中，车主是否占主要责任需根据具体情况判断，但通常车主的指使行为会构成其承担责任的重要因素。以下从不同角度进行分析：

1. 车主指使与驾驶员行为的关系：

   • 如果车主明确指使驾驶员进行违章行为，如超速、闯红灯等，且驾驶员按照车主的指使进行了操作，那么车主的指使行为与违章行为之间存在直接的因果关系。在这种情况下，车主很可能需要承担主要责任，因为其行为直接导致了违章行为的发生。

2. 驾驶员的自主判断与责任：

   • 尽管车主指使了违章行为，但驾驶员作为车辆的实际操控者，仍负有安全驾驶的义务。如果驾驶员在接到车主指使后，能够自主判断该行为可能带来的风险，并选择拒绝执行或采取其他安全措施，那么驾驶员的责任可能会相对减轻。然而，如果驾驶员盲目听从车主指使，未进行任何自主判断或采取安全措施，那么驾驶员也可能需要承担一定的责任。

3. 法律责任的划分：

   • 在法律上，对于车主指使的违章行为，责任的划分通常考虑多个因素，包括车主的指使程度、驾驶员的自主判断能力、违章行为的严重程度以及造成的后果等。如果车主的指使行为是违章行为发生的主要原因，且造成了严重的后果，那么车主很可能需要承担主要责任，甚至可能构成犯罪（如交通肇事罪的共犯）。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在实际案例中，法院会根据具体证据和事实情况来判定车主和驾驶员的责任。例如，如果车主通过言语、手势或其他方式明确指使驾驶员进行违章行为，并且有相关证据（如监控录像、证人证言等）支持这一事实，那么车主很可能被认定为承担主要责任。

法律建议：

• 对于车主而言，应避免指使驾驶员进行任何违章行为，以确保道路交通安全和自身法律责任的免除。
• 对于驾驶员而言，在接到车主指使时，应保持清醒的头脑，自主判断该行为可能带来的风险，并拒绝执行任何可能危及安全的违章行为。
• 如果发生交通事故或违章行为，车主和驾驶员应积极配合相关部门的调查和处理工作，如实陈述事实情况，以便法院或相关部门能够准确判定责任。

可能后果：

• 如果车主被认定为承担主要责任，可能需要承担民事赔偿责任（如赔偿事故造成的损失）、行政处罚责任（如罚款、吊销驾驶证等）甚至刑事责任（如构成交通肇事罪的共犯）。
• 驾驶员也可能因违章行为受到相应的行政处罚或民事赔偿责任的追究。

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