在刑事诉讼中，破坏环境案件被告人有罪的举证责任原则上确实主要由人民检察院承担，但在特定情形下，被告人也可能需要承担一定的举证责任。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般原则：控方承担举证责任

在我国刑事诉讼中，举证责任主要由控方，即人民检察院承担。这是基于“无罪推定”原则，即任何人在未经依法判决有罪之前，均被视为无罪。因此，控方必须提供确实、充分的证据来证明被告人实施了被指控的犯罪行为，并且这些证据要达到排除合理怀疑的证明标准。如果控方无法完成这一举证责任，法庭应认定被告人无罪。这一原则确保了被告人在面对指控时不会处于不利地位，也防止了无根据的定罪和冤假错案的发生。

法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十一条明确规定：“公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担。”在破坏环境案件中，这一原则同样适用。

二、特殊情形：被告人承担一定举证责任

尽管一般情况下举证责任由控方承担，但在某些特定情形下，被告人也需要承担一定的举证责任。这种举证责任与控方的举证责任在性质和程度上有所不同，通常是一种提出证据的责任，而非最终的证明责任。

1. 积极抗辩事由

当被告人提出如正当防卫、紧急避险、不在犯罪现场等积极的抗辩事由时，需要提供相应的证据来支持自己的主张。然而，被告人的这种举证并不需要达到排除合理怀疑的程度，只要能够使法官对控方的指控产生合理怀疑即可。此时，举证责任会再次回到控方，由控方来反驳被告人的主张。在破坏环境案件中，如果被告人主张自己的行为是出于某种合法目的或紧急情况，那么就需要承担一定的举证责任来证明自己的主张。

1. 持有型犯罪中的特殊情形

虽然破坏环境案件通常不属于持有型犯罪，但在某些特定情况下，如果案件涉及被告人持有某种可能对环境造成破坏的物品或物质，且被告人主张自己的持有行为是合法的，那么被告人也可能需要承担一定的举证责任来证明自己的主张。不过，即使在这种情况下，控方仍然需要对被告人构成犯罪的基本事实承担最终的举证责任。

三、重要说明

需要强调的是，虽然在一些特定情况下被告人需要承担一定的举证责任，但这并不意味着减轻或免除了控方的最终证明责任。在任何情况下，控方都需要对被告人构成犯罪的基本事实承担举证责任，并确保所提供的证据能够达到排除合理怀疑的证明标准。在破坏环境案件中，控方需要证明被告人实施了破坏环境的行为，并且这种行为达到了犯罪的程度。

四、法律建议

对于破坏环境案件的被告人来说，如果面临指控，应当积极配合律师的工作，提供有利于自己的证据和线索。同时，被告人也有权要求控方提供充分的证据来证明自己的罪行。如果控方无法提供足够的证据，被告人有权要求法庭宣告自己无罪。

如果您或您身边的人面临破坏环境案件的指控，或者对刑事诉讼中的举证责任有任何疑问，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律建议和帮助。