关于重大项目占用永久基本农田补划是否收取指标费用的问题，目前并没有一个全国统一、明确的收费标准或规定，是否收费及收费标准通常取决于地方政策。以下从几个方面进行详细分析：

1. 地方政策差异：

   • 不同地区对于重大项目占用永久基本农田的补划政策可能存在差异。一些地方可能会根据当地的土地资源状况、经济发展需求以及政策导向，制定具体的补划费用标准或收费机制。
   • 例如，某些地区可能会要求占用方支付一定的土地复垦费、耕地开垦费或生态补偿费等，作为补划永久基本农田的费用。这些费用的具体标准和支付方式，通常会在地方政府的规范性文件或政策中明确。

2. 补划费用的性质：

   • 补划费用并非一种固定的税费，而是根据土地占用和补划的实际情况，由占用方承担的一种补偿性费用。其目的在于确保被占用的永久基本农田能够得到及时、有效的补划，从而维护国家的粮食安全和生态安全。
   • 因此，补划费用的收取通常与土地占用的面积、质量、位置以及补划的难度和成本等因素密切相关。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，重大项目占用永久基本农田的补划费用，往往需要通过与地方政府或相关部门进行协商来确定。占用方需要了解并遵守当地的政策规定，同时积极与政府部门沟通，争取合理的补划费用标准。
   • 此外，占用方还应关注补划费用的支付方式和时间节点，确保按时、足额支付费用，以避免因费用问题导致的项目延误或法律风险。

4. 法律建议：

   • 对于涉及重大项目占用永久基本农田的情况，建议占用方在项目前期就充分了解并遵守当地的政策规定，与政府部门进行积极沟通，明确补划费用的标准和支付方式。
   • 同时，占用方还应咨询专业的法律人士或机构，对补划费用的合法性和合理性进行评估，以确保项目的合法性和顺利进行。

总结来说，重大项目占用永久基本农田补划是否收取指标费用，以及收费的具体标准，通常取决于地方政策。因此，在处理此类问题时，建议占用方密切关注当地政策动态，与政府部门保持良好沟通，并咨询专业法律人士的意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。