您好，关于自然人已是法定代表人的情况下是否还能代开发票的问题，我可以为您详细解答。

首先，自然人是否为法定代表人，并不影响其作为自然人身份进行发票代开的资格。关键在于该自然人是否满足代开发票的条件和规定。

根据相关规定，以下情况的自然人或单位可以向主管税务机关申请代开发票：

1. 已办理税务登记的单位和个人：在特定情形下，如临时取得超出领用发票使用范围或超过领用发票开具限额以外的业务收入，需要开具发票的；或者被税务机关依法收缴发票或停止发售发票，但取得经营收入需要开具发票的；以及外省纳税人来本辖区临时从事经营活动，业务量小、开票频度低的，都可以申请代开发票。

2. 依法不需要办理税务登记的单位和个人：如果临时取得收入，需要开具发票的，主管税务机关也可以为其代开发票。

3. 特定业务场景：如纳税人销售其取得的不动产，或其他个人出租不动产，申请代开发票的，由征收税款的税务机关代开增值税普通发票。

对于自然人已是法定代表人的情况，如果其以自然人身份（而非法定代表人身份）从事上述符合代开发票条件的业务，并且满足相关税务规定，那么是可以向主管税务机关申请代开发票的。

代开发票的具体流程可能因地区和政策而异，但通常包括以下步骤：

• 准备相关材料：如身份证件、业务合同或协议等税务机关认可的资料。
• 提交申请：可以通过窗口办理或网上办理（如电子税务局APP）提交代开发票申请。
• 税务审核：税务机关会对提交的申请进行审核，确认是否符合代开发票的条件。
• 缴纳税款（如适用）：如果代开发票涉及应税行为，需要先缴纳相应的税款。
• 领取发票：审核通过并缴纳税款后，可以领取加盖税务机关代开发票专用章的发票。

以电子税务局APP代开增值税发票为例：

1. 完成人脸识别认证。
2. 进入“代开增值税发票”功能界面，选择相应的代开类型（如货物、服务等一般代开）。
3. 点击“新增代开申请”，输入相关信息并确认无误后提交申请。
4. 系统自动判断是否需要审核，若无需审核则直接缴款并自行开具数电票；若需要审核则等待税务人员审核通过后再进行后续操作。

综上所述，自然人已是法定代表人的情况下，只要其以自然人身份从事符合代开发票条件的业务，并且满足相关税务规定，是可以向主管税务机关申请代开发票的。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。