关于套取科研经费200万后主动退回是否可以不起诉的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 法律定性是关键：

   • 套取科研经费的行为，在法律上通常被认定为贪污或诈骗等犯罪行为，具体取决于行为人的身份和行为的性质。如果行为人是国家工作人员，利用职务上的便利套取科研经费，可能构成贪污罪；如果行为人不是国家工作人员，但通过虚构事实、隐瞒真相的方式套取科研经费，则可能构成诈骗罪。
   • 无论哪种情况，套取科研经费200万都属于数额巨大的范畴，根据相关法律规定，可能会面临较重的刑事处罚。

2. 主动退回的影响：

   • 主动退回套取的科研经费，是行为人认罪、悔罪的一种表现，可以在一定程度上减轻其刑事责任。但这并不意味着行为人可以因此免受刑事处罚。
   • 刑事处罚的轻重，除了考虑犯罪数额外，还会综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及行为人的认罪态度、悔罪表现等因素。

3. 不起诉的可能性：

   • 法定不起诉情形：如果行为人的行为不构成犯罪，或者符合刑事诉讼法中规定的不起诉情形（如犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等），那么检察机关可以作出不起诉决定。但套取科研经费200万的行为，通常不符合这些法定不起诉的情形。
   • 酌定不起诉情形：在犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的情况下，检察机关可以酌情作出不起诉决定。虽然主动退回套取的科研经费可以视为一种从轻情节，但套取数额巨大，通常难以直接认定为“犯罪情节轻微”。不过，如果行为人具有其他从轻或减轻情节（如自首、立功、初犯、偶犯等），且综合全案情况认为不起诉更为适宜的，检察机关也有可能作出不起诉决定。

4. 法律建议：

   • 如果您或您身边的人涉及此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地评估法律风险和制定应对策略。
   • 主动配合调查，如实陈述事实，积极退赃，争取从轻或减轻处罚的机会。
   • 准备相关证据材料，如退赃凭证、认罪悔罪书等，以证明自己的认罪态度和悔罪表现。

总结来说，套取科研经费200万后主动退回，并不能直接决定是否可以不起诉。是否起诉取决于多种因素的综合考量，包括犯罪的性质、情节、社会危害程度以及行为人的认罪态度、悔罪表现等。因此，建议您或您身边的人尽快咨询专业律师，以便更准确地了解法律风险和制定应对策略。