违法所得与家庭财物混同的情况下，需根据具体情况进行区分处理，核心原则是依法追缴违法所得，同时保护家庭合法财产权益。具体处理方式如下：

1. 违法所得的认定与追缴
   根据《刑法》第六十四条，违法所得是指通过违法犯罪行为直接或间接获得的财物。若违法所得与家庭合法财产混同（如用违法所得购买房产、车辆，或存入家庭共同账户），司法机关会通过以下方式处理：

   • 溯源追缴：通过调查资金流向、财产来源等证据，区分违法所得与合法财产。例如，若能证明某笔存款部分来自违法所得，则仅追缴该部分及对应收益。
     
   • 比例追缴：对无法分割的财产（如共同房产），可能按违法所得占比折价追缴。例如，违法所得占购房款的30%，则追缴房产价值的30%或要求补缴等值现金。
     
   • 连带责任限制：家庭成员若对违法所得不知情且无过错（如未参与违法活动、未实际使用），一般不承担连带责任，但需配合提供财产来源证明。

2. 家庭合法财产的保护
   若家庭成员能证明部分财产为合法取得（如工资、继承、赠与等），且与违法所得无关联，司法机关应依法排除追缴。例如：

   • 独立账户：若家庭成员有单独账户，且资金来源清晰（如工资卡），即使与违法所得账户有转账记录，只要能证明转账性质（如借款、还款），可排除追缴。
     
   • 生活必需品豁免：根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，对家庭基本生活所需的财物（如唯一住房、基本生活用品）一般不予追缴，但需结合具体案情判断。

3. 实务建议

   • 主动举证：若家庭财产可能被牵连，应尽快收集合法财产的证据（如合同、发票、银行流水等），向司法机关提交书面说明。
     
   • 申请听证或复议：若对追缴决定有异议，可依法申请听证或复议，要求司法机关重新审查财产性质。
     
   • 协商分割：在司法机关介入前，可与违法所得提供者协商，通过书面协议明确财产归属，降低被牵连风险（但需注意协议效力可能受案件影响）。

总结：违法所得与家庭财物混同时，司法机关会依法区分处理，核心是追缴违法部分、保护合法财产。若您或家人涉及此类问题，建议尽快整理财产证据，必要时委托律师协助处理，以最大限度维护合法权益。