申请立案监督后，案件仍然可以起诉。以下是对这一问题的详细分析：

一、立案监督的性质与目的

立案监督是检察机关对公安机关的立案活动是否合法进行的监督，其目的在于确保公安机关依法行使立案权，防止和纠正有案不立、不破不立、以罚代刑等违法行为，保护公民的合法权益，维护社会秩序和公平正义。立案监督并不直接决定案件是否起诉，而是对立案环节进行监督，确保案件能够进入正常的诉讼程序。

二、起诉的条件与程序

起诉是检察机关或自诉人向人民法院提起诉讼，要求追究被告人刑事责任的行为。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，起诉需要满足以下条件：

1. 犯罪事实清楚：有证据证明被告人实施了犯罪行为，且犯罪事实清楚，证据确实、充分。
2. 证据确实、充分：证据必须经过查证属实，能够排除合理怀疑，足以证明被告人有罪。
3. 依法应当追究刑事责任：被告人的行为必须构成犯罪，且依法应当受到刑事处罚。

在满足上述条件后，检察机关或自诉人可以向人民法院提起公诉或自诉。起诉的程序包括审查起诉、提起公诉、法庭审理等环节。

三、立案监督与起诉的关系

1. 立案监督不影响起诉的独立性：立案监督是对立案环节的监督，而起诉是对案件实体问题的处理。两者在诉讼程序中处于不同阶段，具有不同的功能和目的。因此，立案监督并不直接影响起诉的独立性。即使案件经过了立案监督，只要满足起诉条件，检察机关或自诉人仍然可以依法提起诉讼。
2. 立案监督可能促进起诉的顺利进行：通过立案监督，检察机关可以及时发现和纠正公安机关在立案环节存在的问题，确保案件能够顺利进入诉讼程序。这有助于减少诉讼障碍，提高诉讼效率，从而促进起诉的顺利进行。

四、实际操作中的注意事项

1. 及时沟通：在申请立案监督的过程中，申请人应与检察机关保持密切沟通，及时了解案件进展情况，确保自身权益得到保障。
2. 准备充分：如果案件最终进入起诉阶段，申请人应准备充分的证据材料，以支持自己的诉讼请求。
3. 遵守法律程序：在整个诉讼过程中，申请人应严格遵守法律程序，不得采取非法手段干扰诉讼活动。

总结来说，申请立案监督后，案件仍然可以起诉。立案监督是对立案环节的监督，不影响起诉的独立性。只要案件满足起诉条件，检察机关或自诉人就可以依法提起诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。