针对侵权品牌的店铺已经停止经营的情况，处理方式需根据具体情境来细致规划，以下是一些建议：
确认侵权事实与责任
- 核实侵权指控：首先，要仔细审查收到的商标侵权指控，确认是否存在确实的侵权行为。这包括比对被指控的商标与自己店铺曾使用的标识，以及检查使用该标识是否具有合法依据，如是否获得了商标所有者的授权或许可。
- 评估责任范围：如果确认存在侵权行为，需要评估侵权行为的范围和影响，包括侵权时间、侵权商品的销售数量、侵权行为的地理范围等，以便后续制定应对策略。
收集证据以支持自身立场
- 合法来源证据：如果店铺在停止经营前曾销售过涉嫌侵权的商品，应积极收集与供应商的交易合同、进货凭证、付款记录、物流单据等，以证明商品具有合法来源。
- 不知情证据：如果店铺在进货时供应商提供了（即使后来证明是虚假的）授权证明，或者店铺在使用前对市场上类似商标进行了合理调查和了解，没有发现侵权风险，这些证据也可以作为支持自身立场的依据。
- 使用时间和范围证据：如最早使用的广告宣传资料、销售记录、店铺装修记录等，以证明自己的使用时间早于商标注册时间或在一定范围内持续使用且具有一定影响力，这有助于在协商或诉讼中争取更有利的地位。
与投诉方协商解决
- 主动沟通：及时与投诉方或其律师取得联系，表明自己已经停止侵权行为（如果确实存在侵权），并愿意积极解决问题。
- 提出和解方案：根据实际情况，提出合理的和解方案，如承诺不再使用侵权商标、对已经生产或库存的带有侵权标识的商品进行妥善处理（如销毁或去除侵权标识后销售），并就侵权行为给对方造成的损失给予一定的经济赔偿（如果确实存在损失且在合理范围内）。
应对可能的法律程序
- 准备法律文件：如果案件进入诉讼程序，需要在律师的指导下准备相关的法律文件和答辩材料，包括反驳意见、证据列举和说明、法律依据等。
- 按时参加庭审：按照法院的通知要求，按时参加庭审。在庭审过程中，要遵守法庭纪律，尊重法官和其他诉讼参与人，认真陈述自己的观点和理由，积极回答法官的提问。
- 配合法院调查：积极配合法院的调查工作，提供必要的证据和信息。如实陈述相关情况，以便法院能够准确认定事实。
考虑赔偿问题
- 赔偿标准：如果确实存在侵权行为且给对方造成了损失，需要了解商标侵权赔偿的标准。根据《中华人民共和国商标法》第六十三条，赔偿数额可以按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定，也可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定，或者参照该商标许可使用费的倍数合理确定。对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，还可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额。
- 赔偿范围：赔偿数额应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支，如调查取证费用、律师费用等。如果权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予五百万元以下的赔偿。
加强商标意识和管理
- 吸取教训：无论结果如何，都应从此次事件中吸取教训，加强商标意识和管理。确保在未来不再发生类似的侵权行为，以保护自己的合法权益和商业声誉。
- 合规经营：在未来的经营活动中，要严格遵守商标法律法规，确保使用的商标具有合法来源或已获得授权。同时，要定期对店铺的商标使用情况进行自查，及时发现并纠正可能存在的侵权行为。
最后需要强调的是，每个商标侵权案件都有其独特性，因此上述建议需要根据具体情况进行调整。如果你在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。