商标备案合法使用人的选择，主要取决于商标申请主体的性质以及商标使用的具体场景，一般而言，商标备案合法使用人可以是商标注册人本人，也可以是经其授权的被许可人。以下从不同角度为您详细分析：
一、商标注册人本人作为合法使用人
自然人注册：
- 如果商标是由自然人申请注册的，那么该自然人自然成为商标的合法使用人。例如，一位独立设计师以个人名义申请了商标，用于保护其设计作品，那么这位设计师就是该商标的合法使用人。
法人或其他组织注册：
- 如果商标是由公司、合伙企业等法人或其他组织申请注册的，那么该法人或其他组织就是商标的合法使用人。例如，一家服装公司申请了商标，用于其生产的服装上，那么这家公司就是该商标的合法使用人。
二、经授权的被许可人作为合法使用人
独占使用许可：
- 商标注册人可以通过独占使用许可的方式，将商标的使用权授予某一被许可人。在这种情况下，被许可人成为该商标在特定范围内的唯一合法使用人。例如，商标注册人将商标独占许可给一家生产商使用，那么这家生产商在许可范围内就是该商标的合法使用人。
排他使用许可：
- 商标注册人也可以通过排他使用许可的方式，将商标的使用权授予某一被许可人，同时保留自己使用该商标的权利。在这种情况下，被许可人和商标注册人都是该商标的合法使用人，但被许可人不得再将商标许可给第三方使用。
普通使用许可：
- 商标注册人还可以通过普通使用许可的方式，将商标的使用权授予多个被许可人。在这种情况下，所有被许可人以及商标注册人都是该商标的合法使用人。但需要注意的是，普通使用许可下，被许可人的权利相对较弱，可能面临其他被许可人或商标注册人的竞争。
三、选择合法使用人时的注意事项
明确许可范围：
- 无论采用哪种许可方式，商标注册人都应明确许可的范围，包括使用的商品或服务类别、使用的地域范围、使用的时间期限等。这有助于避免后续的纠纷。
签订许可合同：
- 商标注册人与被许可人之间应签订书面的商标使用许可合同，明确双方的权利和义务。合同中应包含许可的类型（独占、排他或普通）、许可的范围、许可的费用、违约责任等内容。
办理备案手续：
- 根据《商标法》的规定，商标使用许可合同应当报商标局备案。这有助于保护被许可人的合法权益，也有助于商标局对商标使用情况进行监管。
监督使用情况：
- 商标注册人应监督被许可人按照合同约定使用商标，确保商标的使用符合法律法规的要求，不损害商标的声誉和价值。
建议您在申请商标备案时，根据自身的实际情况和需求，选择合适的合法使用人，并严格按照法律法规的要求办理相关手续。如果您在商标备案过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。