著作权侵权案件中，被告是可以申请反诉的。反诉是指在已经开始的民事诉讼程序中，本诉的被告以本诉原告为被告，向受诉法院提出的与本诉有牵连的独立的反请求。在著作权侵权纠纷中，如果被告认为原告的主张存在问题，且自己有合法合理的诉求与之相关联，就有权提出反诉。

例如，如果原告指控被告侵犯其著作权，要求赔偿损失，而被告认为原告的作品也侵犯了自己在先的其他权利，那么被告就可以提起反诉，请求法院一并审理并作出裁判。这样的反诉有助于更全面、高效地解决当事人之间的纠纷，避免矛盾的多次处理，节省司法资源，并保障当事人的合法权益得到公正合理的对待。

因此，在著作权侵权案件中，如果你作为被告认为有必要提出反诉，可以依法向受诉法院提出申请，并准备相应的证据和材料来支持你的反诉请求。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和建议。