关于“假冒商标注册罪已使用的商品怎么处罚”的问题，以下是我的详细解答：

对于假冒商标注册罪中已使用的商品，其处罚方式主要依据《中华人民共和国商标法》及《中华人民共和国刑法》的相关规定。

首先，从民事责任角度来看，若只是单纯使用假冒商标商品，在我国一般不构成犯罪，但属于侵权行为，要承担民事责任。被侵权人可要求停止使用、赔偿损失等。赔偿数额的确定方式如下：

1. 按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；
2. 实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定；
3. 权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定。

若构成恶意侵犯，还可以在上述基础上增加赔偿数额。

其次，从刑事责任角度来看，如果使用假冒商标商品并将其用于销售，且销售金额数额较大，就可能构成销售假冒注册商标的商品罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定：

1. 销售明知是假冒注册商标的商品，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；
2. 违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

此外，对于假冒注册商标的商品，人民法院还可以根据侵权行为的情节，判决给予一定数额的罚款，并且可以责令销毁假冒注册商标的商品以及主要用于制造假冒注册商标的商品的材料、工具等。

综上所述，对于假冒商标注册罪中已使用的商品，其处罚方式既包括民事责任方面的赔偿损失，也包括刑事责任方面的有期徒刑、罚金以及销毁侵权商品等。具体处罚方式需根据侵权行为的严重程度、销售金额的大小以及侵权人的主观恶意等因素来综合判断。