新闻出版局对书店进行检查的法律依据主要包括以下几部法律法规：

1. 《出版管理条例》：这是新闻出版领域的基本法规，对出版物的出版、印刷、复制、发行等活动进行了全面规范。新闻出版局在检查书店时，会依据该条例的相关规定，审查书店是否合法经营，是否销售非法出版物，以及是否遵守了关于出版物内容、版权等方面的规定。

2. 《印刷业管理条例》：该条例专门针对印刷业进行了规范，包括印刷企业的设立、经营、管理等方面。由于书店可能涉及印刷品的销售，新闻出版局在检查时也会关注书店是否销售了由非法印刷企业印刷的出版物，以及书店自身是否从事了违规的印刷活动。

3. 《音像制品管理条例》：虽然书店主要经营图书等出版物，但也可能涉及音像制品的销售。该条例对音像制品的制作、复制、发行等活动进行了规定。新闻出版局在检查书店时，会检查书店销售的音像制品是否合法，是否侵犯了版权等。

4. 《出版物市场管理规定》：这是针对出版物市场管理的具体规定，对出版物的进销货、仓储、运输、展示等方面进行了详细规范。新闻出版局在检查书店时，会依据该规定检查书店的经营管理是否合规，包括是否销售了禁售出版物、是否建立了完整的进销货台账等。

综上所述，新闻出版局对书店进行检查的法律依据是全面而具体的，涵盖了出版、印刷、复制、发行等各个环节。这些法律法规不仅保障了出版市场的健康有序发展，也维护了消费者的合法权益。书店作为出版物市场的重要组成部分，应当严格遵守相关法律法规，合法经营，为消费者提供优质的出版物和服务。