书店如果查出销售盗版书籍，将会面临一系列严格的处罚措施，这些措施主要分为行政处罚、刑事责任以及民事赔偿三大类。
一、行政处罚
没收违法所得：书店销售盗版书籍的全部收入将被依法没收，这是对其非法盈利行为的直接打击。
罚款：根据《中华人民共和国著作权法》及相关规定，书店可能面临违法经营额一倍以上五倍以下的罚款。如果违法经营额难以计算，那么罚款金额可能达到二十五万元以下。若书店的侵权行为构成犯罪且危害较大或有严重情节，罚款金额还可能更高。
没收侵权制品和工具：所有盗版书籍以及用于制作、销售盗版的设备、材料都将被收缴，以防止其继续从事侵权行为。
责令停止侵权行为：书店必须立即停止销售盗版书籍，并采取有效措施防止类似行为再次发生。
警告或停业整顿：对于情节严重的书店，相关部门可能给予警告，甚至要求其停业整顿一段时间，以示惩戒。
二、刑事责任
如果书店销售盗版书籍的数额较大或者有其他严重情节，可能构成侵犯著作权罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，个人实施此类犯罪可能面临三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金；数额巨大或有特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。如果是单位犯罪，那么单位将被判处罚金，同时对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法进行处罚。
三、民事赔偿
除了行政处罚和刑事责任外，书店还可能面临民事赔偿。权利人（如出版社、作者）有权要求书店赔偿因侵权行为造成的经济损失，包括实际损失以及为制止侵权行为所支付的合理开支。此外，书店还可能需要通过公开声明等方式消除侵权行为给权利人带来的不良影响。
综上所述，书店销售盗版书籍将面临严重的法律后果，包括行政处罚、刑事责任以及民事赔偿。因此，书店应该严格遵守相关法律法规，杜绝销售盗版书籍的行为，以维护良好的市场秩序和知识产权保护环境。