网店商标侵权的处罚标准主要依据《商标法》等相关法律法规。若网店未经商标权人许可，在同一种商品或服务上使用与其注册商标相同的商标，或在类似商品、服务上使用与其注册商标近似的商标，且容易导致混淆，将面临以下处罚：
责令停止侵权：工商行政管理部门有权责令网店立即停止侵权行为。
没收与销毁：相关执法部门将没收、销毁侵权商品以及主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。
罚款：
刑事责任：若情节严重，构成犯罪，将依法追究网店经营者的刑事责任。
此外，网店侵权商标后，侵权方还需承担民事赔偿责任，赔偿金额通常根据被侵权人的实际损失或侵权人的获利情况来确定。若双方无法就赔偿事宜达成一致，被侵权人可通过法律途径寻求救济。
如果网店对处罚结果有异议，可以通过合法途径进行申诉，例如向相关执法部门提出行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。在申诉过程中，网店需要提供充分的证据来支持其观点，并遵循相关的法律程序。
综上所述，网店商标侵权的处罚标准是根据侵权行为的严重程度和造成的后果来确定的，包括责令停止侵权、没收与销毁侵权物品、罚款以及可能的刑事责任。同时，侵权方还需承担民事赔偿责任，并有权对处罚结果进行申诉。