关于您提出的“关于对能够证明合法取得侵犯注册商标专用权商品的，责令停止销售的侵权商品，如何处理”的问题，以下是我的详细解答：

结论前置：

对于能够证明合法取得但侵犯了注册商标专用权的商品，通常的处理方式是责令停止销售，并可能依据具体情况采取进一步措施，如销毁、禁止进入商业渠道等。

详细解答：

1. 责令停止销售：

   • 根据《中华人民共和国商标法》的相关规定，对于侵犯注册商标专用权的商品，无论其是否合法取得，一旦被发现，首先应当责令停止销售。这是保护商标权人合法权益、维护市场秩序的基本措施。

2. 进一步处理措施：

   • 销毁：在特定情况下，如商品属于假冒注册商标的商品，且没有特殊情况，人民法院可以责令销毁这些商品。这是为了彻底消除侵权商品对市场的影响，防止其继续流通。
   • 禁止进入商业渠道：对于主要用于制造假冒注册商标的商品的材料、工具，人民法院可以责令销毁，或者在某些特殊情况下，责令禁止其进入商业渠道，且不予补偿。这一措施旨在切断侵权商品的源头，防止其再次被用于生产侵权商品。
   • 其他措施：除了上述措施外，根据侵权行为的严重程度、侵权人的主观恶意以及商标权人的损失情况，还可能采取罚款、赔偿损失等进一步的法律措施。

3. 特殊情况考虑：

   • 如果侵权商品虽然侵犯了注册商标专用权，但存在特殊情况（如涉及公共利益、历史文化遗产等），人民法院在处理时可能会考虑这些因素，采取更为灵活的措施。

4. 法律建议：

   • 对于商家而言，应当加强商标意识，确保所销售的商品不侵犯他人的注册商标专用权。在采购商品时，应当尽到合理的审查义务，避免购入侵权商品。
   • 如果商家发现自己销售的商品可能侵犯了他人的商标权，应当立即停止销售，并积极与商标权人进行沟通协商，寻求解决方案。
   • 如果商家面临商标侵权纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，制定合适的应对策略。

综上所述，对于能够证明合法取得但侵犯了注册商标专用权的商品，应当首先责令停止销售，并根据具体情况采取进一步的处理措施。同时，商家也应当加强商标意识，避免购入和销售侵权商品。