当综合执法指出快递存在盗版问题时，这是一个需要严肃对待的情况，因为它涉及到法律法规的遵守以及知识产权的保护。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、立即核实与确认
核实信息：首先，要核实综合执法部门提供的关于快递盗版的具体信息，包括涉嫌盗版的物品、数量、单号等，确保信息的准确性。
内部自查：对涉事的快递包裹进行内部自查，确认是否存在验视不严格、违规接收等问题，并了解具体的揽收、运输、派送等环节。
二、积极配合调查
配合询问：主动与综合执法部门沟通，了解详细情况，并积极配合其询问和调查工作。
提供证据：如有需要，提供相关的快递记录、监控视频等证据材料，以协助执法部门查清事实。
三、依法承担责任
认识错误：如果确实存在快递盗版的问题，要深刻认识自己的错误，并承认违规事实。
接受处罚：根据《著作权法》及《快递市场管理办法》等相关法律法规，接受相应的处罚，如罚款、整改等。
四、加强内部管理与培训
强化验视制度：严格执行收寄验视制度，确保每一件快递都经过严格的检查，拒收任何侵权物品。
组织培训：对全体员工进行法律法规和业务流程的培训，提高员工的法律意识和业务素养，确保不再发生类似问题。
建立举报机制：鼓励员工积极举报涉嫌盗版的快递包裹，对举报有功的员工给予奖励。
五、加强行业自律与协作
行业自律：作为快递行业的一员，要自觉遵守行业规范和法律法规，维护行业的良好形象。
协作配合：与文化市场综合执法部门、出版管理部门等保持密切联系，共同打击盗版行为，维护市场秩序。
综上所述，当综合执法指出快递存在盗版问题时，我们应该立即核实信息、积极配合调查、依法承担责任、加强内部管理与培训以及加强行业自律与协作。只有这样，我们才能有效地解决快递盗版问题，保护知识产权，维护市场秩序和消费者权益。