结论前置：个人做出贡献但属于职务发明，在论文中使用是否构成侵权，需根据具体情况判断，若论文使用行为符合职务发明相关规定且未侵犯单位权益，则不构成侵权；反之，则可能构成侵权。以下从不同角度详细分析：
一、职务发明的定义与归属
根据《中华人民共和国专利法》第六条：“执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造。职务发明创造申请专利的权利属于该单位，申请被批准后，该单位为专利权人。该单位可以依法处置其职务发明创造申请专利的权利和专利权，促进相关发明创造的实施和运用。”
关键点：
- 执行本单位任务：包括在本职工作中作出的发明创造；履行本单位交付的本职工作之外的任务所作出的发明创造；退休、调离原单位后或者劳动、人事关系终止后1年内作出的，与其在原单位承担的本职工作或者原单位分配的任务有关的发明创造。
- 利用本单位物质技术条件：指利用本单位的资金、设备、零部件、原材料或者不对外公开的技术资料等。
若个人做出的贡献符合上述职务发明的定义，则该发明创造的权利归属单位。
二、论文中使用职务发明的情况分析
论文内容与职务发明直接相关：
- 若论文旨在公开职务发明：且已获得单位同意或授权，同时论文中明确标注了职务发明的归属单位，并遵循了单位关于职务发明使用的相关规定，则不构成侵权。
- 若论文未经单位同意或授权：擅自公开职务发明，或未明确标注职务发明的归属单位，或违反了单位关于职务发明使用的相关规定，则可能构成对单位权益的侵犯，包括但不限于专利权、商业秘密权等。
论文内容与职务发明间接相关：
- 若论文仅引用职务发明作为背景或参考：且已获得单位同意或授权，同时遵循了学术规范和引用规则，则不构成侵权。
- 若论文未经单位同意或授权：擅自引用职务发明作为背景或参考，或未遵循学术规范和引用规则，导致单位权益受损，则可能构成侵权。
三、法律建议与风险防范
- 明确职务发明归属：在论文撰写前，应明确个人贡献是否属于职务发明，以及职务发明的权利归属单位。
- 获得单位同意或授权：若论文内容涉及职务发明，应事先获得单位的同意或授权，并遵循单位关于职务发明使用的相关规定。
- 遵循学术规范和引用规则：在论文中引用职务发明时，应遵循学术规范和引用规则，明确标注职务发明的归属单位，并避免误导读者。
- 保护单位权益：在论文发表后，应关注单位权益是否受到损害，如发现侵权行为，应及时采取措施维护单位权益。
示例说明：
假设某员工在本职工作中研发出了一项新技术，该技术属于职务发明，权利归属单位。若该员工在撰写论文时，未经单位同意擅自公开了该技术，且未明确标注职务发明的归属单位，则可能构成对单位专利权的侵犯。反之，若该员工事先获得了单位的同意或授权，并在论文中明确标注了职务发明的归属单位，则不构成侵权。
进一步思考：
在职务发明与论文发表的关系中，除了考虑法律因素外，还应关注学术道德和职业操守。作为科研人员，应尊重单位的权益和学术规范，避免因个人行为损害单位声誉和学术环境。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。