在侵犯公司商业秘密案中，损失界定既可以考虑侵权行为的获利，也可以考虑侵权行为造成的损失，具体需根据案件实际情况和证据进行综合判断。以下从多个角度进行详细分析：
一、以侵权行为造成的损失界定
直接经济损失：
- 利润减少：这是最直观的损失，可以通过对比侵权行为发生前后的销售数据和利润情况来计算。例如，某公司原本每年因商业秘密获得的高额利润因侵权而大幅减少，这部分减少的利润即为直接损失。
- 研发成本损失：商业秘密的研发往往投入巨大，若因侵权导致秘密泄露，权利人无法从后续市场收益中回收这些成本，则应将此部分计入损失。这包括人力、物力、财力等各方面的研发投入。
- 合理开支：包括为调查、制止侵权行为所支付的合理费用，如律师费、调查费等，这些费用也应计入损失范围。
间接经济损失：
- 声誉受损：侵权行为可能导致权利人的商业信誉和品牌形象受到负面影响，进而影响其未来的客户关系和合作机会。这种损失虽难以直接量化，但可通过市场调研、客户反馈、合作意向变化等数据综合评估。
- 竞争优势丧失：商业秘密为权利人带来的技术或市场优势一旦丧失，可能需要额外投入大量资源重新建立。这部分重新获取优势的成本，如额外的研发投入、市场推广费用等，也可作为间接损失的一部分。
二、以侵权行为的获利界定
当直接和间接损失难以确定时，可以考虑以侵权人的获利作为损失的参考。这主要包括：
- 销售利润：通过计算侵权产品的销售数量、销售价格及成本差，可以得出侵权人因使用商业秘密而获得的利润。例如，侵权人销售了1000件侵权产品，每件产品的利润为100元，则侵权人的获利为10万元，这部分获利可视为权利人的损失。
- 许可使用费：若侵权人未直接销售产品，而是将商业秘密许可给他人使用，其所收取的许可使用费也应视为侵权所得，并可作为权利人损失的参考。例如，侵权人将商业秘密许可给第三方使用，每年收取许可使用费50万元，这部分费用可视为权利人因侵权行为而遭受的损失。
三、其他参考因素
- 合理许可使用费：若权利人已将商业秘密许可他人使用，该许可使用费可作为认定损失的重要参考。例如，甲公司以每年100万元的价格将商业秘密许可给乙公司使用，丙公司侵犯此商业秘密时，可参考此许可使用费来认定甲公司的损失。
- 商业价值评估：当商业秘密因侵权行为被公众所知悉或灭失时，其商业价值应根据研究开发成本、实施该项商业秘密的收益、可得利益及可保持竞争优势的时间等因素综合确定。这部分商业价值也可作为损失界定的参考。
四、实际操作建议
在确定侵犯商业秘密罪的损失时，应遵循客观、公正、合理的原则，并根据具体的法律法规和司法解释来确定损失的计算方法和标准。若无法确定具体的损失数额，可委托专业的评估机构进行评估，以确保损失界定的准确性和公正性。同时，在处理此类案件时，应细致入微地审查相关证据和资料，如财务报告、销售记录、研发投入凭证等，并依据法律规定和实际情况做出合理的判断。
综上所述，侵犯公司商业秘密案的损失界定是一个复杂且细致的过程，需要综合考虑多个方面和因素。在实际操作中，建议根据案件具体情况和证据进行综合判断，并咨询专业律师以获取更详细的指导和帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。