核心结论：针对您卖了三年的女装款式被别人注册了版权证书这一情况，您可以根据不同情形采取协商、行政投诉、诉讼等措施来维护自身权益。以下是具体分析：

1. 核实版权注册的合法性

   • 首先，您需要仔细核查对方所注册的版权证书是否真实有效。可以通过国家版权局的官方网站等正规渠道查询该版权登记信息，确认其登记的程序是否合法、内容是否准确。有可能存在对方恶意抢注或者登记信息有误的情况。
   • 如果发现对方是通过不正当手段，如提供虚假材料等方式获取版权证书，那么该版权证书可能自始无效。您可以收集相关证据，向版权登记部门提出撤销该版权登记的申请。

2. 分析自身使用情况

   • 在先使用抗辩：如果您能够证明在对方注册版权之前，您就已经开始使用该女装款式进行销售，并且有一定的知名度和影响力，形成了在先使用的事实。那么根据相关法律规定，您在一定范围内有权继续使用该款式，但这种使用应当限于原来的范围，不得扩大使用规模或者进行新的使用方式。例如，您原来只是在本地的小规模店铺销售，那么您不能突然扩大到全国范围或者开展线上大规模销售。您需要收集相关的销售记录、宣传资料、客户反馈等证据来证明您的在先使用情况。
   • 合理使用情形：如果您的使用行为符合法律规定的合理使用情形，比如您是为了个人学习、研究或者欣赏，使用他人已经发表的作品；或者为介绍、评论某一作品或者说明某一问题，在作品中适当引用他人已经发表的作品等。但您销售女装款式一般不属于典型的合理使用范畴，不过如果您在销售过程中有对款式进行评论、介绍等行为且符合合理使用要件的，也可以作为抗辩理由之一。不过这种情况相对较少且认定较为严格。

3. 与对方协商解决

   • 如果经过核实，对方的版权注册是合法有效的，且您不存在在先使用等抗辩理由，您可以尝试与对方进行协商。在协商过程中，您可以向对方说明您已经销售该款式多年的情况，以及突然停止销售可能给您带来的损失。争取与对方达成一个双方都能接受的解决方案，例如您向对方支付一定的许可使用费，获得继续销售该款式女装的授权；或者双方达成合作协议，共同开发该款式女装的市场等。

4. 行政投诉或诉讼途径

   • 行政投诉：如果您认为对方的注册行为侵犯了您的合法权益，且协商无果，您可以向相关的行政管理部门，如市场监督管理部门进行投诉。市场监督管理部门有权对不正当竞争等行为进行查处。您需要向管理部门提供详细的证据材料，说明对方的行为如何构成不正当竞争以及对您造成的损害。
   • 诉讼途径：如果行政投诉未能解决问题，或者您认为通过诉讼能够更有效地维护自己的权益，您可以向法院提起诉讼。在诉讼中，您需要明确自己的诉讼请求，例如要求确认对方的版权无效、要求对方停止侵权行为、赔偿您的经济损失等。同时，您需要提供充分的证据来支持自己的主张，包括销售记录、设计图纸、宣传资料等。诉讼过程可能会比较复杂和漫长，需要您做好充分的准备。

在处理此类问题时，证据的收集和保存至关重要。您要尽可能收集与该女装款式相关的各种证据，以支持自己的主张。如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。