甲方发现供应商恶意中标后，可采取以下法律手段进行处理，具体分情况说明：

1. 立即启动内部调查，固定证据链
   甲方需第一时间收集供应商恶意中标的证据，包括但不限于：

   • 投标文件中的虚假材料（如伪造资质、业绩、财务数据等）；
     
   • 供应商与其他投标人存在围标、串标行为的证据（如通讯记录、资金往来、报价规律性等）；
     
   • 供应商在评标过程中存在贿赂、威胁评委等违法行为；
     
   • 供应商中标后拒不履行合同或以不合理条件要求变更合同内容。
     法律依据：根据《招标投标法》第五十四条，投标人以他人名义投标或以其他方式弄虚作假骗取中标的，中标无效，处中标项目金额5‰以上10‰以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额5%以上10%以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，取消其一年至三年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格并予以公告，直至由工商行政管理机关吊销营业执照。

2. 向行政监督部门投诉，启动行政处罚程序
   甲方可向项目所在地的发展改革部门或行业主管部门（如住建、交通、水利等）提交书面投诉材料，要求对供应商的违法行为进行查处。投诉材料需包含：

   • 投诉人名称、地址及有效联系方式；
     
   • 被投诉人名称、地址及有效联系方式；
     
   • 投诉事项的基本事实；
     
   • 相关请求及主张；
     
   • 有效线索和相关证明材料。
     法律依据：根据《招标投标法实施条例》第六十条，投诉人应当在知道或者应当知道其权益受到侵害之日起10日内提出书面投诉。行政监督部门应当自收到投诉之日起3个工作日内决定是否受理，并自受理投诉之日起30个工作日内作出书面处理决定。

3. 通过民事诉讼主张权利，要求赔偿损失
   若供应商的恶意中标行为给甲方造成实际损失（如工期延误、质量不达标、额外采购成本等），甲方可向法院提起民事诉讼，要求供应商承担：

   • 返还已支付的款项；
     
   • 赔偿因违约造成的直接损失（如重新招标费用、差价损失等）；
     
   • 赔偿因恶意中标导致的间接损失（如商誉损失、第三方索赔等）。
     法律依据：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

4. 在合同中约定违约责任条款，提前防范风险
   为避免未来类似纠纷，甲方可在招标文件中明确约定：

   • 供应商提供虚假材料的，甲方有权解除合同并要求支付违约金（违约金比例可设定为合同金额的10%-30%）；
     
   • 供应商存在围标、串标行为的，甲方有权没收投标保证金并追究其法律责任；
     
   • 供应商中标后拒不履行合同的，甲方有权另行采购并要求供应商赔偿差价损失。
     法律依据：根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，一般包括违约责任条款。明确的违约责任条款可增强合同的约束力，降低甲方维权成本。

总结建议：甲方在处理供应商恶意中标问题时，应优先通过行政投诉快速制止违法行为，同时收集证据为民事诉讼做准备。若合同中已约定违约责任条款，可直接依据合同主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供更详细的法律方案。