针对您提出的“我方要申请注册商标但对方主张享有在先著作权，我方如何抗辩”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确一个基本原则：商标权在大多数情况下不能对抗在先的著作权。这是由法律规定、权利产生时间以及侵权判定与处理原则所共同决定的。接下来，我将从这几个方面为您详细阐述，并给出可能的抗辩思路。

一、法律基础与保护原则

《商标法》明确规定，申请注册的商标不得与他人在先取得的合法权利相冲突，其中合法权利就包括著作权。这一规定确立了著作权的优先保护地位，确保了在先著作权的法律效力。因此，如果您的商标设计或标识确实涉及到了对方受著作权保护的作品，那么从法律层面讲，您确实需要尊重对方的著作权。

二、权利产生时间的差异

著作权自作品创作完成之日起自动产生，无需注册或登记。这意味着一旦作品被创作出来，创作者就拥有了著作权。而商标权则需要经过申请、审查、核准注册等法定程序后才能取得。因此，在权利产生的时间上，著作权通常具有在先性。这也是为什么在商标与著作权冲突时，著作权往往能得到优先保护的原因。

三、可能的抗辩思路

尽管商标权在大多数情况下不能对抗在先的著作权，但在某些特殊情况下，您仍可以尝试以下抗辩思路：

1. 证明商标的独立性：

   • 如果您能证明您的商标设计是独立创作的，与对方的作品没有实质性相似，或者即使相似但并非抄袭或模仿，那么您可以主张您的商标并未侵犯对方的著作权。

2. 证明商标的合法来源：

   • 如果您能证明您的商标设计是通过合法途径获得的，比如从第三方购买、受赠或继承等，且该第三方在提供商标设计时已确保不侵犯任何第三方的著作权，那么您可以主张您的商标使用是合法的。

3. 证明商标的合理使用：

   • 在某些情况下，即使商标设计涉及到了受著作权保护的作品，但如果您的使用方式符合合理使用的原则（如为了评论、新闻报道、教学或研究等目的而使用），那么您可能可以主张您的使用是合法的。不过，这种情况需要严格符合法律规定的条件和证明要求。

4. 主张对方著作权的无效或可撤销：

   • 如果您能发现对方著作权存在瑕疵或问题（如对方并非真正的著作权人、著作权已过期或已被撤销等），那么您可以主张对方的著作权无效或可撤销，从而削弱或消除其对您商标申请的阻碍。

四、实际应用中的建议

1. 充分检索和调查：

   • 在申请商标前，建议您进行充分的检索和调查，确保商标设计不侵犯他人的著作权。这可以通过查询著作权登记记录、搜索相关作品等方式进行。

2. 咨询专业律师：

   • 如果您对商标与著作权的冲突问题存在疑虑或困惑，建议您咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和抗辩策略。

3. 积极应对法律诉讼：

   • 如果对方已经对您提起了法律诉讼或主张其享有在先著作权，那么您需要积极应对法律诉讼，准备充分的证据和材料来支持您的抗辩主张。

综上所述，虽然商标权在大多数情况下不能对抗在先的著作权，但在某些特殊情况下您仍可以尝试上述抗辩思路。不过，为了避免不必要的法律纠纷和损失，建议您在申请商标前进行充分的检索和调查，并咨询专业律师的意见。