在软件著作权侵权案件中，权利人可以采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是一些详细的建议：
一、协商与调解
要求停止侵害与消除影响：
- 权利人首先有权要求侵权人立即停止对软件著作权的侵害行为，并消除由此带来的不良影响。
协商赔偿：
- 双方可以就赔偿数额与方式进行协商。若协商一致，可以按照双方达成的协议进行处理。这种方式相对灵活，有助于快速解决纠纷。
调解：
- 若协商不成，权利人可以寻求调解组织的帮助。调解组织可以是著作权行政管理部门、其他部门，或是社会团体和群众组织。在调解组织的主持下，当事人可以达成和解协议。但需要注意的是，调解协议不具有法律上的强制性，若一方反悔，调解协议即失去效力，此时权利人可通过诉讼来解决纠纷。
二、行政投诉
- 权利人可以向有关行政机关告知侵权事项。行政机关在接到投诉后，会依法对侵权人进行调查，并根据调查结果予以行政处罚。这种方式可以借助行政力量来维护权利人的合法权益。
三、仲裁
- 若著作权合同中订有仲裁条款，或者事后双方达成了书面仲裁协议，权利人可以向仲裁机构申请仲裁。仲裁机构会依照一定的仲裁程序对纠纷进行裁决，其裁决具有法律上的强制力。若一方不履行仲裁裁决，另一方可以申请人民法院强制执行。
四、诉讼
直接起诉：
- 当事人可以直接向人民法院起诉，利用诉讼程序解决著作权纠纷。这是我国《著作权法》所规定的解决著作权纠纷的主要方式。
诉讼时效：
- 当事人向人民法院请求保护著作权的诉讼时效期间为2年，时效期间的起算日从著作权人知道或者应当知道权利被侵犯时开始计算。
证据保全：
- 为制止侵权行为，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，著作权人或者与著作权有关的权利人可以在起诉前向人民法院申请保全证据。人民法院接受申请后，必须在48小时内作出裁定，并立即开始执行保全措施。
诉前禁令与财产保全：
- 若著作权人或者与著作权有关的权利人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯其权利的行为，如不及时制止将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在起诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为和财产保全的措施。
五、其他措施
- 在诉讼过程中，人民法院对于侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，可以没收违法所得、侵权复制品以及进行违法活动的财物。这有助于进一步打击侵权行为，保护权利人的合法权益。
综上所述，权利人在软件著作权侵权案件中可以采取协商与调解、行政投诉、仲裁、诉讼等多种措施来维护自己的合法权益。在选择具体措施时，权利人应根据案件的具体情况、自身需求以及法律程序的要求来做出决策。