论文著作权转让后，受让单位在特定条件下可以代为追究责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、著作权转让的法律基础
著作权转让是指著作权人将其作品的部分或全部财产权转让给他人，受让人因此成为新的著作权人，享有相应的财产权利。在论文著作权转让的情况下，原作者（转让方）将其对论文的著作权（如复制权、发行权、信息网络传播权等）转让给受让单位，受让单位则成为该论文的新著作权人。
二、受让单位代为追究责任的条件
著作权归属明确：
- 著作权转让合同必须明确约定转让的权利内容、范围及期限，确保受让单位确实获得了对论文的相应著作权。
- 只有在著作权归属明确的情况下，受让单位才有权以著作权人的身份主张权利。
侵权行为的存在：
- 当存在第三方未经许可，擅自使用、复制、发行或传播该论文，侵犯了受让单位的著作权时，受让单位有权采取法律措施。
- 侵权行为必须明确且可证明，如存在盗版、非法传播等行为。
受让单位的权利行使：
- 作为新的著作权人，受让单位有权依法追究侵权人的法律责任，包括要求停止侵权、赔偿损失等。
- 受让单位可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式行使这一权利。
三、受让单位代为追究责任的具体方式
发送警告函：
- 受让单位可以向侵权人发送警告函，要求其立即停止侵权行为，并消除影响。
提起民事诉讼：
- 若侵权人拒绝停止侵权或赔偿损失，受让单位可以向人民法院提起民事诉讼，要求侵权人承担民事责任。
请求行政处罚：
- 在某些情况下，受让单位还可以向相关行政主管部门投诉，请求对侵权人进行行政处罚。
四、注意事项
合同条款的明确性：
- 在著作权转让合同中，应明确约定受让单位在著作权受到侵犯时的权利行使方式及范围。
- 合同条款应具体、明确，避免产生歧义或争议。
证据的收集与保存：
- 受让单位在追究侵权责任时，应收集并保存相关证据，如侵权行为的证据、损失计算的依据等。
- 证据的充分性和合法性对于维护受让单位的权益至关重要。
法律程序的遵循：
- 受让单位在行使权利时，应遵循法律程序，不得采取非法手段或侵犯他人合法权益。
建议：如果您作为受让单位，在论文著作权转让后遇到侵权问题，建议首先与侵权人进行协商，尝试通过友好方式解决争议。如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助或直接向我咨询，以便更有效地维护您的合法权益。