种子商标侵权的监管主要由多个部门共同负责，具体包括市场监督管理部门、海关以及司法部门。以下是对这些监管部门及其职责的详细解释：

1. 市场监督管理部门

   • 职能依据：根据《商标法》的相关规定，市场监督管理部门（一般由县级以上工商行政管理部门具体执行）有权依法查处侵犯注册商标专用权的行为。
   • 具体职权：市场监督管理部门在发现种子商标侵权行为时，可以展开调查、收集证据，并根据侵权行为的严重程度采取相应的行政处罚措施。这些措施包括责令停止侵权行为、没收并销毁侵权商品及制造工具等。对于违法经营额超过一定数额的，还可以处以罚款。
   • 处理措施示例：若认定侵权行为成立，市场监督管理部门会责令立即停止侵权，没收并销毁侵权种子及制造工具。若违法经营额超过5万元，可处违法经营额5倍以下的罚款；不足5万元的，可处25万元以下的罚款。对重复侵权或有其他严重情节的，将从重处罚。

2. 海关部门

   • 职能依据：依据《知识产权海关保护条例》，海关负责在进出口环节对涉嫌侵犯商标权的货物进行监管。
   • 具体职权：海关在发现涉嫌侵犯种子商标权的进出口货物时，有权查验货物，并通知相关权利人。经权利人申请并同意，海关可以扣留侵权嫌疑货物，并通知权利人和收货人或发货人。
   • 处理措施示例：若确认种子商标侵权，海关将予以没收。没收后的货物可能用于社会公益事业，或由权利人收购，或经消除侵权特征后拍卖（进口假冒商标货物除外）。无法消除侵权特征的货物将被销毁。

3. 司法部门 - 人民法院

   • 民事诉讼：当种子商标侵权纠纷无法通过协商或行政途径解决时，商标注册人或利害关系人可以向人民法院提起民事诉讼。人民法院将依据事实和法律，判定侵权行为是否成立，并对侵权人作出相应的民事赔偿判决。赔偿数额可根据实际损失、侵权所得或商标许可使用费倍数确定，恶意侵权且情节严重的，赔偿数额可加倍。
   • 刑事诉讼：对于情节严重的种子商标侵权行为，可能构成侵犯知识产权罪。此时，人民检察院会提起公诉，人民法院将依据犯罪情节对犯罪嫌疑人判处相应的刑罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。

建议：

• 若您发现种子商标侵权行为，首先可以尝试与市场监督管理部门或海关联系，请求他们进行调查和处理。
• 如果侵权行为严重，或者您希望通过法律途径获得更全面的救济，可以向人民法院提起诉讼。
• 在整个过程中，建议您保留好相关证据，如侵权商品的样本、购买凭证、侵权行为的照片或视频等，以便在需要时提供证明。

作为专业律师，我在知识产权、专利权领域有着丰富的经验。如果您在种子商标侵权方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。