若法院判决公司与员工既不是股东也不是实际控制人，但存在资产混同的情况，其法律后果主要涉及公司法人人格否认及相应的法律责任。以下是对此问题的详细分析：
一、公司法人人格否认的法律后果
股东或相关责任人承担连带责任：
- 根据《中华人民共和国公司法》第二十条第三款的规定，公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。在资产混同的情况下，如果法院认定公司股东或实际控制人（尽管判决中可能未直接认定其为实际控制人，但若其行为符合实际控制人的特征）存在滥用公司法人独立地位的行为，那么他们可能需要对公司债务承担连带责任。
- 举例：若员工虽非股东或名义上的实际控制人，但实际掌控公司财务，将公司资产与个人资产混同使用，导致公司无法清偿债务，法院可能判决该员工对公司债务承担连带责任。
对公司信誉和商业关系的负面影响：
- 资产混同不仅可能导致法律责任，还会损害公司的信誉和商业关系。债权人、合作伙伴和投资者可能因对公司财务状况的担忧而减少合作或投资，进而影响公司的长期发展。
二、具体法律责任的承担
对公司债务的清偿责任：
- 在资产混同的情况下，如果公司无法清偿债务，债权人可以要求股东或相关责任人（如实际掌控公司财务的员工）承担清偿责任。这种责任可能是无限的，即责任人需要以其个人财产来清偿公司债务。
可能的行政处罚：
- 如果资产混同行为违反了相关行政法规（如税务法规、财务报告法规等），公司或相关责任人还可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
刑事责任的风险：
- 在极端情况下，如果资产混同行为构成犯罪（如职务侵占罪、挪用资金罪等），相关责任人还可能面临刑事责任的风险。
三、预防与应对措施
建立健全的财务管理制度：
- 公司应建立健全的财务管理制度，确保公司资产与股东或员工个人资产严格分离。这包括建立独立的银行账户、制定严格的财务审批流程等。
定期进行财务审计：
- 公司应定期进行财务审计，以确保财务报告的准确性和真实性。这有助于及时发现并纠正资产混同等问题。
加强法律意识培训：
- 公司应加强对股东和员工的法律意识培训，特别是关于公司法人人格独立和股东有限责任的法律知识。这有助于减少因法律意识淡薄而导致的资产混同行为。
若您或您的公司面临类似问题，或需要进一步了解如何避免资产混同及其法律后果，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。