公司非公开入股的股东，其是否拥有入股证书取决于公司的具体操作和内部规定，但通常不会以“入股证书”这一形式来确认股东身份，而是通过公司章程、股东名册、出资证明书等文件来确认。以下是对此问题的详细分析：

1. 公司章程与股东名册：

   • 公司章程是公司设立的基本文件，其中会明确公司的股东构成、股权结构等关键信息。非公开入股的股东，其姓名或名称、出资额、出资方式等信息会被记载在公司章程中。
   • 股东名册则是公司内部用于记录股东信息的重要文件，包括股东的姓名或名称、住所、出资额、出资证明书编号等。非公开入股的股东，其信息同样会被记载在股东名册中，这是确认其股东身份的重要依据。

2. 出资证明书：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司成立后，应当向股东签发出资证明书。出资证明书是确认股东出资的凭证，也是股东享有股东权利的重要依据。
   • 出资证明书通常包含公司的名称、成立日期、注册资本、股东的姓名或名称、出资额和出资日期等信息，并由公司盖章确认。非公开入股的股东，在完成出资后，有权要求公司签发出资证明书。

3. “入股证书”的非标准性：

   • 在实际操作中，“入股证书”并非一个标准的法律文件或术语。公司可能出于内部管理或宣传的需要，制作一些非正式的“入股证书”或类似文件，但这些文件并不具有法律上的强制效力。
   • 股东身份的确认，应主要依据公司章程、股东名册和出资证明书等正式文件，而非非标准的“入股证书”。

4. 法律建议：

   • 对于非公开入股的股东而言，应确保自己的出资行为符合公司章程和法律法规的规定，并及时要求公司签发出资证明书，以确认自己的股东身份。
   • 同时，股东应妥善保管好自己的出资证明书和其他相关文件，以备不时之需。如果公司未按照规定签发出资证明书或存在其他违法行为，股东有权向公司提出异议或寻求法律救济。

总结来看，公司非公开入股的股东，其股东身份主要通过公司章程、股东名册和出资证明书等文件来确认，而非通过非标准的“入股证书”。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。