核心结论：若工程合同中仅约定进度款而未约定预付款，可通过以下方式处理：1. 核查合同条款；2. 协商补充约定；3. 主张法定权利；4. 风险防范措施。以下展开具体分析：

1. 核查合同条款

首先需全面审查工程合同文本，重点关注以下内容：

• 付款方式条款：确认合同是否明确排除预付款，或通过其他条款间接实现类似功能（如”开工后首期进度款比例较高”）。
• 工程进度节点：核对进度款支付条件是否与关键节点挂钩（如基础完工、主体封顶等），评估资金回笼周期。
• 违约责任条款：检查发包方逾期支付进度款的违约金计算方式，为后续主张权利提供依据。
• 变更条款：确认合同是否允许通过补充协议修改付款方式，为后续协商提供合同依据。

典型案例：某建设工程施工合同约定”承包人完成±0.00工程后支付合同价款的15%“，虽未明确为预付款，但通过提前支付部分款项实现了类似功能。

2. 协商补充约定

在合同未禁止的情况下，可与发包方协商签订补充协议：

• 分期预付款：建议将预付款拆分为2-3期，与施工准备、材料进场等节点挂钩。
• 保函替代：要求发包方提供等额支付保函，既保障资金安全又不违反合同约定。
• 材料代付：协商由发包方直接向材料供应商支付部分款项，减轻承包人资金压力。

操作要点：补充协议需明确约定支付时间、金额、条件及违约责任，建议采用银行转账方式并备注”工程预付款”。

3. 主张法定权利

若发包方拒不支付且合同存在显失公平情形：

• 情势变更原则：根据《民法典》第533条，若因材料价格暴涨等重大变化导致继续履行显失公平，可请求变更合同。
• 不安抗辩权：若发包方出现经营状况恶化等情形，可依据《民法典》第527条中止履行并要求提供担保。
• 优先受偿权：根据《民法典》第807条，承包人可就工程折价或拍卖价款优先受偿，但需在法定期限内主张。

风险提示：行使法定权利需严格符合法律要件，建议提前收集证据并咨询专业律师。

4. 风险防范措施

为降低后续风险，建议采取以下措施：

• 资金监管：要求设立共管账户，确保进度款专款专用。
• 材料控制：对关键材料采取”甲供”或”三方监管”模式，防止资金挪用。
• 工期衔接：在施工组织设计中预留资金缓冲期，避免因资金问题导致窝工。
• 保险保障：投保建设工程一切险、付款保证保险等，转移部分风险。

实务建议：在投标阶段即应评估发包方资信状况，对政府投资项目可要求财政评审报告作为付款依据。

如需进一步分析具体合同条款或制定应对方案，可直接提供合同文本关键页，我将结合具体条款给出专业意见。