身故后，妹妹的孩子一般不可以直接继承遗产，但存在特殊情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、法定继承顺序
根据《中华人民共和国民法典》第一千一百二十七条的规定，遗产按照下列顺序继承：
- 第一顺序：配偶、子女、父母。
- 第二顺序：兄弟姐妹、祖父母、外祖父母。
在法定继承中，继承开始后，由第一顺序继承人继承，第二顺序继承人不继承；没有第一顺序继承人继承的，才由第二顺序继承人继承。妹妹的孩子并不属于上述法定继承人的范围，因此，在一般情况下，妹妹的孩子无法直接继承身故者的遗产。
二、特殊情况分析
遗嘱继承或遗赠扶养协议：
- 如果身故者生前立有合法有效的遗嘱，并明确将自己的部分或全部财产留给妹妹的孩子，或者与妹妹的孩子签订了遗赠扶养协议，那么妹妹的孩子将依据这些法律文件获得对身故者遗产的继承权。
代位继承：
- 代位继承是指被继承人的子女先于被继承人死亡的，由被继承人的子女的晚辈直系血亲代位继承。但这一规定仅适用于被继承人的子女先于被继承人死亡的情况，且代位继承人仅限于被继承人的子女的晚辈直系血亲。因此，妹妹的孩子并不符合代位继承的条件。
适当分得遗产：
- 根据《民法典》第一千一百三十一条的规定，对继承人以外的依靠被继承人扶养的人，或者继承人以外的对被继承人扶养较多的人，可以分给适当的遗产。如果妹妹的孩子依靠身故者扶养，或者对身故者扶养较多，那么在遗产分配时，他们有可能获得适当的份额。但这种情况并非继承，而是基于扶养关系或公平原则的适当分配。
三、法律建议
了解遗产分配意愿：
- 如果您希望妹妹的孩子能够继承您的遗产，建议您提前立下合法有效的遗嘱，明确指定妹妹的孩子为继承人。
咨询专业律师：
- 遗产分配问题可能涉及复杂的法律关系和利益纠葛，因此，在处理这类问题时，建议您咨询专业律师，以便根据您的具体情况给出准确的答案和建议。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导。
考虑家庭和谐：
- 在处理遗产分配问题时，除了考虑法律因素外，还应考虑家庭和谐和亲情关系。通过沟通和协商，尽量达成一个各方都能接受的遗产分配方案，以避免不必要的家庭纠纷。
综上所述，身故后妹妹的孩子一般不可以直接继承遗产，但存在特殊情况。如果您有具体的法律需求或疑问，请随时向我咨询。