结论：两箱鞭炮被拘留3天是否会留下案底，主要取决于拘留的性质以及后续的法律程序。行政拘留和司法拘留通常不会留下犯罪案底，但刑事拘留若最终导致有罪判决，则会形成刑事犯罪记录。

详细分析：

1. 拘留性质的影响：

   • 行政拘留：如果是因为非法储存或运输少量鞭炮等违反行政管理秩序的行为被行政拘留，这种拘留属于行政处罚，不会留下犯罪案底。但相关记录会在公安机关留存，主要用于内部管理和必要的查询，对一般生活和工作不会产生重大影响，但在某些特定情况下（如报考军警院校、特殊岗位的公务员等）可能会被作为参考因素。
   • 刑事拘留：如果是因为涉嫌犯罪，如非法制造、买卖、运输、邮寄、储存枪支、弹药、爆炸物等，被公安机关或人民检察院刑事拘留，那么是否留下案底将取决于后续的法律程序。若最终经法院审判没有被认定为有罪，则不会留下犯罪案底；若被法院判决有罪，则会留下犯罪案底，对个人及其子女在就业、参军、报考公务员等方面可能会产生限制。
   • 司法拘留：如果是在诉讼过程中，因妨害诉讼行为被法院司法拘留，这种拘留不属于刑事处罚，因此不会留下犯罪案底。但相关记录会在相关司法机关留存。

2. 后续法律程序的影响：

   • 对于刑事拘留而言，即使最初被拘留，也不意味着一定会被定罪。案件会经过侦查、审查起诉、审判等阶段，如果最终被法院判决无罪，那么就不会留下犯罪案底。
   • 如果案件在侦查阶段就被撤销，或者检察院决定不起诉，同样不会留下犯罪案底。

建议：

• 如果您或您认识的人因为两箱鞭炮被拘留，并对此有疑问或担忧，建议尽快了解拘留的具体性质和原因。
• 如果拘留是行政性质的，且没有后续的法律程序，那么通常不会留下犯罪案底。
• 如果拘留是刑事性质的，建议密切关注案件的进展，并在必要时寻求专业法律帮助，以了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律后果。

额外提醒：

• 鞭炮等爆炸物属于危险物品，其储存、运输和使用都受到严格的法律限制。为了避免不必要的法律风险，建议严格遵守相关法律法规，不要非法储存或运输鞭炮等爆炸物。
• 如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况给出更准确的解答和建议。