当公司合同章不慎丢失时，为了有效规避法律风险并保障公司的合法权益，您需要按照以下详细且有序的步骤进行补办：

一、立即确认与内部报告

1. 确认印章丢失：首先，组织人员对公司内部进行全面搜寻，若确认无法找到，则正式确定合同章已丢失。同时，对可能接触过印章的员工进行询问，搜集可能的线索。
2. 高层报告与法律咨询：立即向公司高层报告此情况，并考虑咨询法律顾问或专业律师，以获取专业的法律意见，了解可能面临的法律风险及应对措施。

二、内部管控与风险评估

1. 暂停相关业务：为防止在印章丢失期间发生未经授权的盖章行为，应立即通知公司各部门暂停使用该合同章开展业务。
2. 风险评估：组织法务、财务、业务等部门共同评估因合同章丢失可能引发的风险，包括但不限于未完成的合同签署、已盖章但未履行完毕的合同等，以便制定相应的应对策略。

三、正式报案与登报声明

1. 报警处理：携带公司营业执照副本原件、法定代表人身份证原件等相关证明材料，前往公司所在地的公安机关报案，详细说明印章丢失的情况，并取得报案回执作为后续补办手续的依据。
2. 登报声明：根据当地公安机关的要求，在市级及以上公开发行的报纸上刊登合同章遗失声明。声明内容应包括公司名称、合同章编号（如有）、丢失时间及声明作废等关键信息，以降低被冒用的风险。

四、准备补办材料并提交申请

1. 准备材料：包括营业执照副本原件及复印件、法定代表人身份证原件及复印件（若委托他人办理，还需提供授权委托书及被委托人身份证原件及复印件）、报案回执、刊登遗失声明的报纸原件等。所有复印件需清晰可辨，并加盖公司公章以证明其真实性和合法性。
2. 提交申请：将准备好的补办材料提交至公司注册地所在的公安机关治安管理部门或指定的印章管理部门。领取并填写印章补办申请表，详细说明补办合同章的原因、用途等信息。

五、审核与刻制新章

1. 审核环节：公安机关会对提交的材料进行严格审核，核实公司的真实性、合法性以及申请事由的真实性。审核通过后会出具印章准刻证明。
2. 刻制新章：根据公安机关出具的准刻证明，前往指定的具有合法资质的刻章单位刻制新的合同章。刻章单位会按照规定的规格、样式完成刻制。

六、备案与通知相关方

1. 备案登记：新合同章刻制完成后，需立即将印章印模提交给公安机关进行备案。备案是确保印章合法性和有效性的重要环节，只有备案后的印章在法律上才被认可。
2. 通知合作方：以书面函件形式通知公司的合作伙伴、客户等相关方合同章丢失及新章启用的情况，避免因印章变更给业务合作带来不必要的麻烦。同时，将新合同章的信息及时更新到公司相关资料和系统中。

七、加强内部管理与监控

1. 完善管理制度：重新审视并完善公司的印章管理制度，明确印章的保管、使用流程和审批权限，确保印章的安全使用。
2. 加强监督与管理：加强对印章使用的监督和管理，定期对印章的使用情况进行检查，防止类似事件再次发生。
3. 持续监控风险：持续关注公司业务活动，检查是否存在异常的合同签署或其他可能涉及印章风险的情况，并及时采取措施进行处理。

综上所述，公司合同章丢失后，应迅速采取一系列有序的措施进行补办，以确保公司的合法权益不受损害。同时，加强印章管理，提升法律意识，为公司持续稳健发展提供坚实保障。