结论：担保人只代偿了一部分债务的情况下，在债务人破产时，担保人就其已代偿的部分确实有权申报债权。以下是详细分析：
一、法律依据与债权申报权利
- 法律依据：根据《中华人民共和国企业破产法》及相关法律规定，债权人在债务人（包括保证人）破产时，享有债权申报的权利。这一权利是债权人保护自身合法权益的重要手段。
- 债权申报权利：担保人作为债权人之一，在代偿了债务人的一部分债务后，就这部分代偿金额取得了对债务人的求偿权。因此，在债务人破产时，担保人有权就其已代偿的部分申报债权。
二、债权申报的具体情境与程序
已代偿部分的债权申报：
- 担保人代替债务人清偿债务后，即取得了对债务人的求偿权。在债务人破产时，担保人可以凭此求偿权向破产管理人申报债权。
- 实例说明：假设甲公司向乙公司借款，丙公司作为担保人代偿了部分债务。后甲公司破产，丙公司即可凭其代偿凭证和求偿权向甲公司的破产管理人申报债权。
债权申报的程序：
- 申报期限：自人民法院发布受理破产申请公告之日起计算，最短不少于30日，最长不超过3个月。担保人需在此期限内向破产管理人申报债权。
- 申报方式：担保人应向破产管理人书面申报债权，说明债权数额、有无财产担保，并提交相关证据，如代偿凭证、求偿权证明等。
- 逾期申报：若担保人逾期未申报债权，可在破产财产最后分配前补充申报。但此前已进行的分配将不再补充分配给逾期申报的债权人。
三、特殊情况与注意事项
保证方式的差异：
- 如果担保合同约定的是一般保证，担保人享有先诉抗辩权。但在债务人破产时，这一权利可能受到限制，担保人仍需就其已代偿的部分申报债权。
- 如果担保合同约定的是连带责任保证，担保人与主债务人承担连带清偿责任。在债务人破产时，担保人可直接就其已代偿的部分申报债权，无需等待债权人先向主债务人追偿。
债权债务纠纷的处理：
- 若担保人与债务人之间的债权债务纠纷正在审理或尚未形成诉讼，担保人仍可直接向破产管理人申报债权。人民法院将依法审查并必要时进行债权确认。
- 若担保债权已经诉讼程序确认为生效判决，则担保人需按一般债权程序申报债权，并提交生效判决作为证据。
与管理人、法院的沟通协作：
- 在债权申报过程中，担保人应与管理人、法院等相关方保持密切沟通协作，确保债权申报工作的顺利进行。
- 担保人应积极配合管理人、法院的审查工作，提供必要的证据和资料，以证明其债权的合法性和有效性。
四、总结与建议
担保人只代偿了一部分债务的情况下，在债务人破产时，担保人就其已代偿的部分确实有权申报债权。为了确保债权申报的顺利进行和自身合法权益的最大化保护，我建议担保人：
- 及时了解债务人的破产情况和管理人的联系方式；
- 准备充分的证据和资料以证明其债权的合法性和有效性；
- 在规定的申报期限内向破产管理人申报债权；
- 与管理人、法院等相关方保持密切沟通协作，积极配合审查工作。
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