在破产重整程序中，法院确实有权处理全款网签备案但尚未建成的商铺，不过具体处理方式需结合案件实际情况及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、法院在破产重整中的权力基础

根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，法院在受理企业破产重整申请后，会指定管理人接管债务人企业，并对企业的财产、债权债务等进行全面清理和处置。这一过程中，法院有权对债务人的财产进行必要的调查、管理和处分，以确保破产重整程序的顺利进行。对于全款网签备案但尚未建成的商铺，虽然其物理形态尚未形成，但作为债务人企业的财产（或预期财产），同样受到法院的管辖和处置。

二、全款网签备案商铺的法律性质

1. 物权期待权：购房者支付全款并办理网签备案后，虽然尚未取得商铺的物权（即所有权），但已享有物权期待权。这种权利在破产程序中具有一定的保护价值，但并非绝对不受影响。
2. 债务人财产：从债务人企业的角度来看，全款网签备案的商铺属于其预期财产或应收账款的一部分。在破产重整程序中，这些财产需要被纳入债务人财产的范畴进行统一处置。

三、法院处理全款网签备案商铺的可能方式

1. 继续履行合同：如果破产重整方案中包含继续建设并交付商铺的计划，且购房者同意继续履行合同，法院可能会批准管理人继续履行购房合同，确保商铺的建成和交付。
2. 解除合同并退款：如果破产重整方案无法包含继续建设商铺的计划，或者购房者不同意继续履行合同，法院可能会批准管理人解除购房合同，并按照破产程序的规定向购房者退还已支付的款项。在此过程中，购房者的退款请求将作为普通债权参与破产财产的分配。
3. 债权转让或抵债：在特定情况下，法院也可能考虑将购房者的债权进行转让或抵债处理。例如，将购房者的债权转让给其他投资者或债权人，或者用债务人企业的其他财产来抵偿购房者的债权。

四、购房者的权益保护

1. 申报债权：购房者应及时向管理人申报债权，提供相关证据材料（如购房合同、付款凭证等），以便管理人准确核算其债权金额和性质。
2. 参与债权人会议：购房者有权参加债权人会议，了解破产重整程序的进展情况，并对相关事项行使表决权。
3. 监督破产程序：购房者可以监督破产程序的进行，确保管理人依法履行职责，维护自身合法权益。

五、特殊情况下的处理

如果全款网签备案的商铺涉及消费者购房人的特殊保护问题（如《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》中关于消费者购房人优先受偿权的规定），法院在处理时可能会给予特别考虑。不过，这一特殊保护通常适用于已建成或基本建成的房屋，对于尚未建成的商铺是否适用需结合具体案情和法律规定进行判断。

总结来说，在破产重整程序中，法院有权处理全款网签备案但尚未建成的商铺。具体处理方式需根据破产重整方案、购房者意愿以及法律规定等因素综合确定。如果你作为购房者或相关方在此过程中遇到法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。