运输合同纠纷案件的管辖规定主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关特殊规定来确定，遵循“协议管辖优先，法定管辖补充”的原则。以下是对此问题的详细解答：
一、协议管辖
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
应用说明：
- 如果运输合同中已经明确约定了管辖法院，且该约定合法有效，那么应当优先按照协议确定管辖法院。这意味着，双方当事人在签订合同时，可以就未来可能发生的纠纷约定管辖法院，以减少后续争议和诉讼成本。
二、法定管辖
一般地域管辖：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。对于运输合同而言，合同履行地通常指运输始发地、目的地或被告住所地。在司法实践中，若运输合同中明确约定了履行地点，则按约定确定；若无明确约定或约定不明，则需结合实际情况判断。
特殊地域管辖：
- 铁路运输合同纠纷：根据相关规定，铁路运输合同纠纷由铁路运输法院管辖。这类案件通常涉及铁路运输企业与其他民事主体之间的权利义务关系。
- 公路、水路等运输合同纠纷：对于公路、水路等其他运输方式引发的合同纠纷，若存在有效的仲裁协议或条款，当事人应向约定的仲裁委员会申请仲裁；若无仲裁协议或仲裁条款无效，则适用一般地域管辖原则，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
- 多式联运合同纠纷：在多式联运合同纠纷中，如果难以确定单一运输方式的管辖法院，原告可以向多式联运经营人的住所地或主要办事机构所在地的人民法院提起诉讼。
专属管辖：
- 某些特定类型的运输合同纠纷可能受到专属管辖的限制。例如，因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖。这类规定旨在确保特定领域的纠纷能够得到专业、高效的审理。
三、确定管辖法院的考虑因素
方便当事人诉讼：
- 选择距离当事人较近、交通便利的法院，能够减少诉讼成本和时间成本。例如，原告在运输目的地生活或经营，选择运输目的地法院会更为方便。
便于法院查明事实：
- 运输合同纠纷涉及运输过程中的具体情况，如货物的装卸、运输路线等。选择与运输活动有密切联系的地点的法院，更便于法院实地调查、收集证据。例如，货物损坏纠纷中，运输目的地法院更方便对货物状况进行勘查。
诉讼策略：
- 当事人在选择管辖法院时，还应考虑诉讼策略，包括对方当事人的所在地、法院的专业性和审判倾向等因素，以制定更有利的诉讼方案。
四、实践建议
明确管辖条款：
- 在签订运输合同时，建议明确约定管辖法院，以减少后续纠纷。同时，确保约定的管辖法院符合法律法规的要求，避免无效约定。
及时提起诉讼：
- 在发生纠纷后，当事人应及时在法定的诉讼时效范围内提起诉讼，并准备好充分的证据材料，以提高胜诉的概率。
总结来说，运输合同纠纷的管辖问题涉及多个方面，包括协议管辖、法定管辖以及专属管辖等。当事人在选择管辖法院时，应综合考虑法律规定、实际情况和诉讼策略，以确保自身权益得到有效保障。如果你有任何具体的运输合同纠纷问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。