在房屋租赁合同中明确约定房屋保证金不能作为租金抵扣，可参考以下条款设计和标注方式：

1. 保证金性质与用途条款
   在合同中单独设立“保证金”条款，明确保证金性质为“履约担保金”，而非预付款或租金。例如：

   “乙方（承租人）应于合同签订时向甲方（出租人）支付人民币XX元作为房屋保证金。该保证金用于担保乙方履行合同义务（如按时支付租金、水电费，妥善使用房屋等），不得用于冲抵任何期间的租金。合同终止且乙方无违约情形时，甲方应于XX日内无息退还保证金。”

2. 租金支付条款的独立性
   在“租金支付”条款中强调租金与保证金的分离性，避免歧义。例如：

   “乙方应按月/季/年支付租金，租金金额为人民币XX元/期，支付方式为XX。租金与保证金相互独立，乙方不得以任何理由要求将保证金抵扣租金。若乙方逾期支付租金超过XX日，甲方有权按合同约定追究违约责任。”

3. 违约责任条款的补充
   为防止承租人单方面抵扣引发纠纷，可增加违约责任条款。例如：

   “若乙方未经甲方书面同意，擅自将保证金用于抵扣租金，视为乙方根本违约，甲方有权立即解除合同，并要求乙方支付相当于XX个月租金的违约金，同时保留追偿实际损失的权利。”

4. 合同终止与结算条款
   在“合同终止”条款中明确保证金退还条件及租金结算顺序。例如：

   “合同终止时，甲乙双方应按以下顺序结算：
   （1）乙方结清所有应付租金、水电费、物业费等费用；
   （2）甲方退还保证金（如有）；
   （3）若乙方存在未结清费用，甲方有权从保证金中扣除，不足部分由乙方补足。保证金扣除后仍有剩余的，甲方应退还余款；若保证金不足以覆盖欠费的，乙方需另行支付。”

注意事项：

• 条款表述需清晰无歧义，避免使用“可”“视情况”等模糊词汇，确保双方对保证金用途无争议。
  
• 建议双方签字确认，并在合同中注明“本合同各条款已由双方充分阅读并理解，无异议”。
  
• 若涉及大额保证金，可考虑单独签署《保证金协议》作为合同附件，进一步细化担保范围、退还条件等。
  

如有其他合同设计或条款解释需求，可直接向我咨询。