关于您提出的“合同约定招标代理费由甲方承担，但施工单位违约后怎么处理”的问题，以下是我的详细解答：

首先，明确结论：当施工单位违约时，根据合同约定及《民法典》的相关规定，甲方有权要求施工单位承担违约责任，包括但不限于继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。对于招标代理费的承担问题，也应根据合同的具体条款及违约情况来确定。

接下来，具体分析：

1. 合同条款的约束力：

   • 合同中明确约定招标代理费由甲方承担，这一条款在合同有效且未被变更或解除的情况下，对双方均具有法律约束力。
   • 若施工单位违约，甲方可以依据合同条款要求施工单位承担相应的违约责任。

2. 违约责任的承担：

   • 根据《民法典》第五百七十七条的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 在施工单位违约的情况下，甲方可以要求施工单位继续履行合同，即按照约定支付招标代理费；或者要求施工单位采取补救措施，以减轻或消除违约造成的影响；亦或要求施工单位赔偿因违约给甲方造成的损失，包括招标代理费在内的直接损失和间接损失。

3. 招标代理费的处理：

   • 若合同中有明确约定违约时招标代理费的处理方式，如由违约方承担或按一定比例分担等，则应按合同约定执行。
   • 若合同中没有明确约定，甲方可以基于违约责任的承担原则，要求施工单位承担招标代理费的全部或部分损失。

4. 法律途径的选择：

   • 在施工单位拒绝承担违约责任或双方无法就违约事宜达成一致时，甲方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
   • 具体选择哪种途径，应根据合同的约定、违约的严重程度、双方的关系及实际情况等因素来综合考虑。

综上所述，当施工单位违约时，甲方可以依据合同条款及《民法典》的相关规定，要求施工单位承担违约责任，并妥善处理招标代理费的承担问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。