没有结婚证的“婚姻”中婚姻协议的合法性需根据具体情况分析，关键在于是否符合特定历史时期的法律规定以及是否及时补办结婚登记，1994年2月1日是区分事实婚姻与同居关系的重要时间节点。以下是对这一问题的详细分析：
一、结婚证的法律意义
在我国，结婚应当男女双方完全自愿，并亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。完成结婚登记，即确立婚姻关系，这是婚姻关系成立的法定要件。未办理结婚登记的，原则上婚姻关系不成立，但存在例外情况，即事实婚姻。为了保障婚姻的合法性以及双方的合法权益，建议已经有共同生活计划的男女双方尽早去办理结婚登记手续。
二、事实婚姻的认定与婚姻协议的合法性
1994年2月1日之前的情况：
- 如果男女双方在1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，已经符合结婚实质要件（如达到法定婚龄、双方自愿、无禁止结婚的亲属关系等），则按事实婚姻处理。
- 这种情况下，虽然没有结婚证，但婚姻关系在法律上是被承认的，受法律保护。双方签订的婚姻协议，如果内容合法、不违反公序良俗，且是双方真实意思的表示，那么该协议在法律上也是有效的。双方在财产分割、子女抚养等方面的权益，会按照该协议以及相关法律规定进行处理。
1994年2月1日之后的情况：
- 在此之后，男女双方即使符合结婚实质要件，但未办理结婚登记的，不再认定为事实婚姻，而仅认定为同居关系。
- 同居关系不受法律保护，双方签订的婚姻协议，其法律效力会受到一定限制。具体来说，如果协议内容涉及同居期间财产的分割、子女抚养等，且内容合法、不违反公序良俗，那么该协议在双方之间可能具有一定的约束力。但是，由于同居关系本身不受法律保护，因此该协议在法律上的执行力可能会受到一定影响。在发生纠纷时，法院可能会根据具体情况，结合公平原则、诚实信用原则等进行裁决。
三、法律建议
- 尽早补办结婚登记：为了保障婚姻的合法性以及双方的合法权益，建议已经有共同生活计划的男女双方尽早去办理结婚登记手续。这样不仅可以确保婚姻关系的合法性，还能在财产分割、子女抚养等方面享受法律提供的全面保障。
- 谨慎签订婚姻协议：在签订婚姻协议时，双方应充分了解协议的法律效力以及可能带来的法律后果。协议内容应合法、明确、具体，且不违反公序良俗。如果可能的话，可以咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
- 保留相关证据：在同居期间或婚姻关系存续期间，双方应保留好与财产、子女抚养等相关的证据，如转账记录、购物发票、子女出生证明等。这些证据在发生纠纷时可能会起到关键作用。
综上所述，没有结婚证的“婚姻”中婚姻协议的合法性需根据具体情况分析。为了保障自己的合法权益，建议尽早补办结婚登记手续，并在签订婚姻协议时谨慎对待。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。