结论：登记为供销合作社但实为股份企业的情况下，股东持社员股是否合法，需结合具体情况判断，主要取决于该企业的设立、运营及股权结构是否符合相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、企业性质与登记合规性
企业性质认定：
- 若企业实际为股份企业，即股东以其出资额为限对公司承担责任，公司以其全部资产对公司的债务承担责任的企业法人，那么其应按照《公司法》等相关法律法规进行设立和运营。
- 供销合作社则通常具有特定的合作性质，可能涉及成员之间的互助合作，其设立和运营可能受到特定法规（如《供销合作社条例》等，若存在此类专门法规）的规范。
登记合规性：
- 企业登记时，应如实反映其性质、股权结构等信息。若企业实际为股份企业却登记为供销合作社，可能构成登记不实或虚假登记，违反相关企业登记管理法规。
- 这种情况下，企业可能需要面临行政处罚，甚至可能被责令改正或撤销登记。
二、股东持社员股的合法性
股权结构合法性：
- 在股份企业中，股东应持有的是公司股份，而非社员股。社员股通常与合作社成员资格相关联，而股份企业的股东则基于出资额享有股权。
- 若企业实际为股份企业，但股东却持有社员股，这可能意味着企业的股权结构设置不符合《公司法》等法律法规的规定。
股东权益保障：
- 股东持有社员股可能影响其股东权益的行使和保障。例如，社员股可能不享有股份企业股东应有的分红权、表决权等权益。
- 这种情况下，股东可能面临权益受损的风险，且难以通过法律途径有效维护自身权益。
三、法律建议与风险防范
合规性审查：
- 对于登记为供销合作社但实为股份企业的企业，建议进行全面的合规性审查，确保其设立、运营及股权结构符合相关法律法规的规定。
- 若发现存在不合规情况，应及时进行整改，以避免潜在的法律风险。
股权结构调整：
- 若企业确实为股份企业，但股东却持有社员股，建议调整股权结构，使股东持有符合《公司法》等法律法规规定的股份。
- 股权结构调整应遵循相关法律法规的规定，确保调整过程的合法性和有效性。
法律咨询与风险防范：
- 在进行企业设立、运营及股权结构调整等过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保相关操作的合法性和合规性。
- 同时，企业应加强法律风险防范意识，建立健全的法律风险防范机制，以应对可能出现的法律风险。
总结：登记为供销合作社但实为股份企业的情况下，股东持社员股是否合法需结合具体情况判断。若企业设立、运营及股权结构不符合相关法律法规的规定，则股东持社员股可能不合法。因此，建议企业进行全面的合规性审查，并咨询专业律师的意见，以确保相关操作的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。