结论前置：实习生迟到扣工资是否违法，需根据具体情况判断。一般情况下未经法定程序或未征得实习生同意擅自扣除工资是违法的，但在特定情况下，如合同约定或经济损失赔偿等，扣除工资可能合法。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的违法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利。实习生虽然未签订正式劳动合同，但其提供的劳动同样应获得报酬。实习协议或劳动合同中明确约定的实习报酬及支付方式具有法律效力，单位无故克扣工资违反协议约定和民事法律相关规定。
违法情形：
- 如果用人单位未经法定程序或未征得实习生同意，擅自扣除实习生工资，通常被视为违法行为。实习生在提供正常劳务的情况下，单位随意克扣工资侵害了实习生获取劳动报酬的权利。例如，若实习协议中未规定迟到扣工资，单位却因实习生迟到而扣除工资，这种行为就是违法的。
二、合法扣除工资的情形
合同约定：
- 实习协议或劳动合同中明确规定了工资扣除的条件和标准（如迟到、早退等违反规定造成损失），且这些约定不违反法律法规。在符合约定条件时，用人单位可以依法扣除部分工资，但扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。例如，实习协议中规定，实习生迟到一次扣除当天工资的10%，且扣除后的工资不低于当地最低工资标准，这种扣除行为就是合法的。
经济损失赔偿：
- 如果实习生因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，单位有权依据相关规定和约定扣除部分工资作为赔偿。扣除的金额需合理，不得超过实习生当月工资的20%（具体比例可能因地区而异），且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。单位需有充分证据证明损失的存在以及实习生的过错。例如，实习生因疏忽导致单位设备损坏，单位可以依据实习协议或相关法律法规，扣除实习生部分工资作为赔偿，但扣除的金额需合理且符合上述规定。
规章制度：
- 用人单位有明确、合理且已向实习生公示告知的规章制度，其中规定了可以扣除工资的情形。扣除行为需符合规章制度的要求，且不得违反法律法规。例如，单位规章制度中规定，实习生连续迟到三次以上，单位可以扣除其当月部分工资作为惩罚，但这种扣除行为需符合相关法律法规的规定，且扣除的金额需合理。
三、实习生的维权途径
- 协商与投诉：实习生认为用人单位扣除工资的行为违法或不合理时，应先与用人单位进行协商沟通，要求其说明扣工资原因并解决问题。协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 法律支持：在维权过程中，实习生可以向我咨询以获取更具针对性的法律建议和帮助。我可以协助实习生分析案情、准备证据材料，并提供法律支持。
综上所述，实习生迟到扣工资是否违法需根据具体情况判断。实习生应了解自己的权益，并在遇到问题时通过合法途径维护自己的利益。同时，用人单位也应遵守相关法律法规和合同约定，合理支付实习生工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。