经济补偿一般不包含加班工资，而是基于劳动者在正常工作时间内的月平均工资来计算。但如果劳动合同中有明确约定且该约定合法，经济补偿可包含加班工资。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律依据与常规理解
根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，劳动合同法第四十七条所述的经济补偿的月工资，是按照劳动者应得工资来计算的。这里所指的“应得工资”包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。然而，在司法实践中，对于“应得工资”的具体构成有着更为细致的理解，通常认为经济补偿的计算主要基于劳动者在正常工作时间内的劳动所得，不包括加班工资。这是因为加班工资是劳动者因提供额外劳动而获得的报酬，具有不确定性和非常规性，并非劳动者正常工作时间的固定收入。
二、特殊情况下的约定优先性
尽管一般情况下加班工资不计入经济补偿，但如果用人单位与劳动者在劳动合同中或通过其他方式明确约定了经济补偿的计算基数包含加班工资，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方就应当按照这一约定来执行。这体现了法律对当事人意思自治的尊重。不过，这种情况较为少见，且需满足严格的合法性审查条件。例如，若约定导致实际支付的工资低于最低工资标准，则该约定可能被认定为无效。
三、实践案例参考
案例一：某员工因公司裁员获得经济补偿金，其离职前十二个月平均工资为8000元，其中包含每月平均2000元的加班费。在计算经济补偿金时，法院仅以其6000元的正常工作时间工资为基数进行计算，最终确定的经济补偿金数额未包含加班工资部分。
案例二：另一案例中，虽然劳动合同中约定了加班工资计入经济补偿金基数，但由于该约定违反了当地最低工资标准的相关规定（即将加班工资计入后导致实际支付的工资低于最低工资标准），最终被法院认定为无效条款。
四、法律建议
对于劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于经济补偿的计算基数和方式的约定。如果认为合同中的约定不合理或不明确，可以与用人单位进行协商修改。在离职时，如果认为经济补偿的计算存在争议，可以依法向劳动争议调解仲裁机构或人民法院提起仲裁或诉讼。
对于用人单位：在制定劳动合同和规章制度时，应明确经济补偿的计算基数和方式，并确保符合法律法规的规定。在计算经济补偿时，应严格按照约定或法律规定进行，避免因计算错误或遗漏而引发劳动争议。
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