承包卫生院自负盈亏结束后，债务和亏损的处理需根据承包合同约定、法律关系性质及实际履行情况综合判断，具体分以下几种情形处理：

1. 若承包合同明确约定债务承担主体
   根据《民法典》第465条“依法成立的合同，受法律保护”，若承包合同中明确约定“承包期间产生的债务由承包方自行承担”，则卫生院原则上无需对承包期间的债务负责，债权人应直接向承包方追偿。但需注意：若债务涉及卫生院名义（如以卫生院名义签订合同、开具发票），卫生院可能需承担连带清偿责任，后续可依据合同向承包方追偿。

2. 若承包合同未约定或约定不明
   根据《民法典》第51十条“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定”，若合同未明确债务承担主体，需结合以下因素判断：

   • 债务性质：若债务与卫生院固有职能相关（如医疗纠纷赔偿、员工社保缴纳），可能被认定为卫生院债务，需由卫生院承担；若债务与承包方自主经营行为相关（如采购非医疗设备、对外借款），原则上由承包方承担。
     
   • 实际履行情况：若债务实际由承包方以个人名义承担（如以个人账户支付货款），或债权人明知承包关系仍与承包方交易，卫生院可主张债务与己无关。
     

3. 亏损的处理原则

   • 承包方自行承担：自负盈亏模式下，承包方需自行承担经营亏损，卫生院无义务填补。但若亏损导致卫生院资产减损（如承包方擅自处置卫生院设备），卫生院可要求承包方赔偿。
     
   • 特殊情形：若亏损因卫生院原因导致（如未提供必要经营条件、干预承包方自主经营），承包方可依据《民法典》第577条“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任”要求卫生院分担部分损失。
     

建议行动步骤：

1. 立即梳理承包合同、债务凭证（如合同、发票、借款协议）、亏损明细等证据；
   
2. 与承包方协商，明确债务承担比例及亏损分担方式，形成书面协议；
   
3. 若协商无果，可依据合同约定或法律规定向法院起诉，主张权利。
   

提示：卫生院作为发包方，需特别注意承包方是否以卫生院名义对外负债，避免因“表见代理”规则（如承包方持有卫生院公章、工作证等）被认定为共同债务人。若您有具体合同或纠纷细节，可直接向我咨询，我会结合证据为您制定解决方案。